如何使用cURL将dicom图像上传到XNAT

Question

我使用以下脚本将dicom图像上传到XNAT实例。我想知道这是不是正确的方法，因为它相当慢。

我的数据的结构为someDir/patientID/sessionID/scans/scanName/*.dcm

imageDir=$1
PROJECT=<projectId>
JSESSIONID=<cookie>

for patientDir in $(ls -d $imageDir/*/);
do 
    SUBJECT=$(basename ${patientDir##$imageDir})
    for session in $(ls -d $patientDir/*/)
    do
            SESSION=$(basename ${session##$patientDir})

            find $session -name "*.dcm" -exec curl  -H 'Content-Type: application/dicom' \
                                -X POST --cookie JSESSIONID=$JSESSIONID \ 
                                 "https://<XNAT URL>/data/services/import?inbody=true&PROJECT_ID=$PROJECT&SUBJECT_ID=$SUBJECT&EXPT_LABEL=$SESSION" \
                                --data-binary @'{}' \; 
    done
done

Answer 1

这是一个使用Chris Fahim给出的zip文件的解决方案。数据必须以以下方式组织: patientID/sessionID/scans/scanName/DICOM/*.dcm上传完成后，压缩文件将被解压缩，并直接映射到项目、主题、会话和扫描。

curl -F "dest=/prearchive/projects/<projectId>" -F "import-handler=DICOM-zip" -F
"FILE=@$dcm" -u USERNAME:PASSWORD --insecure 
https://<xnat url>/data/services/import

我有一个用于xnat的节点应用程序，可以在命令行中使用。xnat-rest

Answer 2

替代curl的还有来自DCMTK包的storescu命令。该pkt也可以作为deb pkt：

DICOM DCMTK包括一组库和应用程序，用于检查、构建和转换

图像文件、处理离线媒体、通过网络连接发送和接收图像，以及演示图像存储和工作列表服务器。

通过sorescu发送递归的所有dicom文件：

find . -name "*.dcm" -exec storescu -v --aetitle XNAT --call XNAT  ip.of.your.server 8104 {} \;