使用netcdf3将fortran代码链接到netcdf4

Question

几个月前，我提出了一个关于用netcdf4代码编写netcdf3文件的问题。现在，我有了另一个问题。我有一个较旧的fortran代码，它是串行运行的，用于将数据从一个网格插值到另一个网格。该代码是基于使用netcdf3文件，我想用netcdf4重新编译它。代码使用了以下netcdf函数: nf_open、nf_put_vara_real等。我不是专家，但据我所知，代码应该仍然可以接受这些调用的netcdf4文件。然而，当我尝试用netcdf4编译它时，我得到了很多错误消息。代码本身使用与代码位于同一文件夹中的netcdf.inc，编译命令如下：

gfortran parameter.f90 netcdf_utils.f90 mean_streaks.f90 -L/opt/netcdf/netcdf3/lib/ -lnetcdf  -O2

然后，我尝试将netcdf3更改为4，因为我在/opt/netcdf下有netcdf3和4个文件夹。但是，例如，我在编译时收到以下错误消息：

/tmp/ccgwLiTF.o: In function `__netcdf_utils_MOD_read3d':
netcdf_utils.f90:(.text+0x445): undefined reference to `nf_open_'
netcdf_utils.f90:(.text+0x4a0): undefined reference to `nf_get_vara_real_'
netcdf_utils.f90:(.text+0x4b4): undefined reference to `nf_close_'

有没有人知道我遗漏了什么，或者我应该如何链接库来完成编译？

提前感谢您的回答

Answer 1

将-lnetcdff添加到您的编译命令(是的，2个f)。在netcdf4中，Fortran符号最终进入该库，而不是libnetcdf.so。

gfortran parameter.f90 netcdf_utils.f90 mean_streaks.f90 -L/opt/netcdf/netcdf4/lib/ -lnetcdf -lnetcdff -O2

您可以使用如下命令验证符号是否在该库中

readelf -s libnetcdff.so | grep 'nf_*_'

在我的安装中，它的输出包括您的错误中列出的所有符号。

Answer 2

我找到问题了。问题是，在我使用的集群上，netcdf4是用mpif90编译的，而不是gfortran。因此，我将gfortran更改为mpif90，并将netcdf3更改为netcdf4。我还添加了其他链接，对于这些链接，我使用了另一个使用netcdf4的代码的CMakeList。最终的工作产品是：

mpif90 parameter.f90 netcdf_utils.f90 mean_streaks.f90 -I/opt/netcdf/netcdf4/include -L/opt/netcdf/netcdf4/lib -lnetcdff -L/opt/pnetcdf/pnetcdf-1.2.0/lib -L/opt/netcdf/netcdf4/hdf5.1.8.8/lib -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lm -lz -lcurl -O2 

谢谢你的帮助，我现在有另一个问题，我将在一段时间内发布：)