无法在centos中启动rstudio，出现错误"unable to connect to service“

Question

我在CentOS 6上安装了Rstudio服务器，但我无法从浏览器中的http://localhost:8787登录到Rstudio。将出现标题为"RStudio Initialization Error“的弹出窗口，并显示消息"Unable to connect to service”。

我尝试了以下方法来纠正这个错误，但没有成功：

$ sudo rstudio-server verify-installation
rstudio-server stop/waiting
rserver[19273]: ERROR system error 13 (Permission denied) [username=rstudio-server]; OCCURRED AT: core::Error server::launchSession(const std::string&, const core::system::Options&, PidType*) /root/rstudio/src/cpp/server/ServerSessionManager.cpp:223; LOGGED FROM: int main(int, char* const*) /root/rstudio/src/cpp/server/ServerMain.cpp:428
rstudio-server start/running, process 19287

$ id -u supstat1
502 (user name is more than 500)

$ sudo usermod -g rstudio_users supstat1

$ sudo vi /etc/sysconfig/iptables as root
and added the following line(s)
Add -A INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 8787 -j ACCEPT
Add -A INPUT -m state --state NEW -m tcp -p tcp --dport 22 -j ACCEPT

$ sudo lsof | grep rstudio
rserver   9597 rstudio-server  cwd       DIR                8,1      4096          2 /
rserver   9597 rstudio-server  rtd       DIR                8,1      4096          2 /
rserver   9597 rstudio-server  txt       REG                8,1   7990044     553699 /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1    156928     391944 /lib64/ld-2.12.so
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1   1926800     391948 /lib64/libc-2.12.so
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1    599384     396110 /lib64/libm-2.12.so
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1     22536     391993 /lib64/libdl-2.12.so
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1    145896     391952 /lib64/libpthread-2.12.so
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1     91096     391950 /lib64/libz.so.1.2.3
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1   1410824     564111 /usr/lib64/libcrypto.so.0.9.8e
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1    327488     567429 /usr/lib64/libssl.so.0.9.8e
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1    124624     396127 /lib64/libselinux.so.1
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1    113952     406171 /lib64/libresolv-2.12.so
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1     18936     396128 /lib64/libuuid.so.1.3.0
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1     93320     396113 /lib64/libgcc_s-4.4.7-20120601.so.1
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1     17256     392157 /lib64/libcom_err.so.2.1
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1    177520     392161 /lib64/libk5crypto.so.3.1
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1     12592     406310 /lib64/libkeyutils.so.1.3
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1    280520     392159 /lib64/libgssapi_krb5.so.2.2
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1    944712     391997 /lib64/libkrb5.so.3.3
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1    989840     536152 /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.13
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1     46368     406311 /lib64/libkrb5support.so.0.1
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1     17520     406322 /lib64/libutil-2.12.so
rserver   9597 rstudio-server  mem       REG                8,1     65928     391959 /lib64/libnss_files-2.12.so
rserver   9597 rstudio-server    0u      CHR                1,3       0t0       3643 /dev/null
rserver   9597 rstudio-server    1u      CHR                1,3       0t0       3643 /dev/null
rserver   9597 rstudio-server    2u      CHR                1,3       0t0       3643 /dev/null
rserver   9597 rstudio-server    3r     FIFO                0,8       0t0      37905 pipe
rserver   9597 rstudio-server    4w     FIFO                0,8       0t0      37905 pipe
rserver   9597 rstudio-server    5u      REG                0,9         0       3641 anon_inode
rserver   9597 rstudio-server    6u     IPv4              37907       0t0        TCP *:msgsrvr (LISTEN)

Answer 1

当您登录时，rserver进程将处理您的身份验证，然后启动一个rsession进程，这是您将使用的会话。当rsession进程由于错误而终止时，就会出现问题。

如果您具有管理员权限，则可以通过跟踪rserver进程并查看导致rsession退出的问题来调试错误。下面是如何做到这一点的。

首先找到进程的rserver -id。

ps auxw | grep studio
rstudio-server       7035  0.0  0.0 362488  4480 ?        Ssl  16:37   0:01 /usr/local/lib/rstudio-server/bin/rserver

注意显示在包含字符串rstudio-server/bin/rserver的行的输出上的第二个数字。在上面的例子中，process-id是7035。

然后跟踪rserver，将输出发送到一个文件。进程后面的数字应该是rserver -p -id。时髦的-e选项用于减少Java线程管理带来的干扰。

sudo strace -f -e 'trace=!clock_gettime,gettimeofday,futex,timerfd_settime,epoll_wait,epoll_ctl' -p 7035 -o trace.txt

登录并等待错误消息出现。

按ctrl-c键停止跟踪。

使用您喜欢的编辑器打开该文件，然后搜索字符串exit_group。

上面的几行很可能表示rsession中的错误。在我的例子中，它是一个从.rstudio到缺失目录的符号链接。

7529  mkdir("/home/dds/.rstudio", 0777) = -1 EEXIST (File exists)
7529  stat("/home/dds/.rstudio", 0x7ffff37419b0) = -1 ENOENT (No such file or directory)
7529  write(2, "07 Feb 2015 16:46:53 [rsession-d"..., 395) = 395
7529  sendto(3, "<11>Feb  7 16:46:53 rsession-dds"..., 398, MSG_NOSIGNAL, NULL, 0) = 398
7529  exit_group(1) 

Answer 2

在Ubuntu上安装Rstudio服务器时，我遇到了类似的问题。按照说明操作之后，我发现需要为登录到Rstudio浏览器会话的每个用户创建一个主目录文件夹。

12414 mkdir("/home/chamal", 0777)       = -1 EACCES (Permission denied)
12414 sendto(3, "<11>Jun 24 08:43:48 rsession-cha"..., 375, MSG_NOSIGNAL, NULL, 0) = 375
12414 exit_group(1)    

Answer 3

将出现标题为"RStudio Initialization Error“的弹出窗口，并显示消息"Unable to connect to service”。为了解决这个问题，我尝试将以下代码添加到/etc/profile中，以便每个用户的RStudio Server Pro会话都能选择旋转R：export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/RRO/RRO-8.0.3/R-3.1.3/lib64/R/lib:/usr/local/lib64.