热图2，颜色键在顶部

Question

我有以下代码来显示热图上方的颜色键。但是颜色键在热图的顶部(稍微向右移动了一点)并不精确。有谁知道怎么让颜色不变吗？另外，如何删除热图右侧的空白？谢谢。

library(gplots)
heatmap.2(
  matrix(rnorm(100*10), nrow=100)
  , dendrogram='none'
  , Colv = F
  , Rowv = F
  , trace='none'
  , col = colorRampPalette(c('blue', 'yellow'))(12)
  , labRow=NA
  , labCol=NA
  , density.info='none'
  , lmat=rbind(c(4, 2), c(1, 3)), lhei=c(2, 8), lwid=c(4, 1)
)

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Answer 1

可以通过在左边的网格中添加“填充部分”(在我的特殊情况下是“5”和"6“)来居中颜色键(参见代码最后一行上的"#”注释：

heatmap.2(x=matrix(rnorm(20*10), nrow=10), Rowv=NULL,Colv=NULL, 
          col = rev(rainbow(20*10, start = 0/6, end = 4/6)), 
          scale="none",
          margins=c(3,0), # ("margin.Y", "margin.X")
          trace='none', 
          symkey=FALSE, 
          symbreaks=FALSE, 
          dendrogram='none',
          density.info='histogram', 
          denscol="black",
          keysize=1, 
          #( "bottom.margin", "left.margin", "top.margin", "left.margin" )
          key.par=list(mar=c(3.5,0,3,0)),
          # lmat -- added 2 lattice sections (5 and 6) for padding
          lmat=rbind(c(5, 4, 2), c(6, 1, 3)), lhei=c(2.5, 5), lwid=c(1, 10, 1))

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Answer 2

虽然不完全符合您的要求，但这里提供了一种使用ggplot创建或多或少相同的绘图的方法。

library(ggplot2)
library(reshape2)      # for melt(...)
library(grid)          # for unit(...)

set.seed(1)            # for reproducible example
df <- data.frame(matrix(rnorm(100*10), nr=10))
df.melt <- melt(cbind(x=1:nrow(df),df),id="x")
ggplot(df.melt,aes(x=factor(x),y=variable,fill=value)) +
  geom_tile() +
  labs(x="",y="")+
  scale_x_discrete(expand=c(0,0))+
  scale_fill_gradientn(name="", limits=c(-3,3),
                       colours=colorRampPalette(c('blue', 'yellow'))(12))+
  theme(legend.position="top", 
        legend.key.width=unit(.1,"npc"),legend.key.height=unit(.05,"npc"),
        axis.text=element_blank(),axis.ticks=element_blank())

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Answer 3

我可以解决自己的色键相对位置问题，但要处理与key.par相关的边距值

key.par=list(mar=c(bottom, left, top, right))

只需替换你想要调整的颜色键的'bottom'，'left'，'top‘和'right’边距的值(每一个的默认边距是4，这为任何标签提供了空间)。

key.par=list(mar=c(4,4,4,4)

使用默认边距。

key.par=list(mar=c(4,4,4,10))

会把它从右边移过来。您必须查看除10之外的哪个值最适合您的绘图。