from How to apply read.topo or as.topo to .xyz file from ETOPO1

Question

我真的很喜欢oce软件包，我想用plot.topo来绘制加拿大东部和美国东北部的海岸线和水深地图。我正在尝试创建一个像"topoMaritimes“这样的数据集，它是可用的，并且覆盖了我的大部分研究区域，但我需要将美国的纽芬兰/拉布拉多和新英格兰也包括在内。

我尝试使用worldCoastline数据集，但分辨率太低。

我从我的研究区域从ETOPO1获得了一个.xyz数据集(使用与oce创建者相同的源：http://www.ngdc.noaa.gov/mgg/gdas/gd_designagrid.html)，这对我来说应该是有效的。我现在正尝试使用read.topo()或as.topo()将其读入R，但遇到了问题。

考虑到这里指定的信息：http://www.inside-r.org/packages/cran/oce/docs/read.topo，我假设read.topo()可以工作。但是当我使用read.topo时：

geo<-read.topo("ETOPO1data.xyz")
Error in if (is.character(file) && grep(".nc$", file)) { : 
missing value where TRUE/FALSE needed

显然，此错误表明缺少值/NAs？

当我尝试将其作为通用文本文件导入时，它可以工作：

geo<-read.table(file="ETOPO1data.xyz", sep="")

head(geo)
           V1         V2  V3
1 -73.000000, 56.000000, 331
2 -72.983333, 56.000000, 328
3 -72.966667, 56.000000, 327
4 -72.950000, 56.000000, 327
5 -72.933333, 56.000000, 325
6 -72.916667, 56.000000, 324

然而，当我试图将其转换为"topo“类型的对象时，我得到了一个错误：

geo<-as.topo(geo$V1, geo$V2, geo$V3)
Error in Summary.factor(c(1261L, 1260L, 1259L, 1258L, 1257L, 1256L, 1255L,  : 
min not meaningful for factors

事实证明，经度和纬度字段是因子：

str(geo)
'data.frame':   1211821 obs. of  3 variables:
$ V1: Factor w/ 1261 levels "-52.000000,",..: 1261 1260 1259 1258 1257 1256 1255 1254         1253 1252 ...
$ V2: Factor w/ 961 levels "40.000000,","40.016667,",..: 961 961 961 961 961 961 961 961 961 961 ...
$ V3: int  331 328 327 327 325 324 325 329 336 351 ...

但是，将经纬度/纬度转换为数字类型会完全更改它们的值：

geo$V1<-as.numeric(geo$V1)
geo$V2<-as.numeric(geo$V2)
head(geo)
V1  V2  V3
1 1261 961 331
2 1260 961 328
3 1259 961 327
4 1258 961 327
5 1257 961 325
6 1256 961 324

有人知道如何将x/y/z (即经度/纬度/深度)文件转换为"topo“对象吗？这会不会是我使用ETOPO1而不是ETOPO2造成的问题？

提前感谢！

Answer 1

尝试使用marmap包。

library(marmap) papoue <- getNOAA.bathy(lon1 = 140, lon2 = 155, lat1 = -13, lat2 = 0, resolution = 10) summary(papoue) blues <- colorRampPalette(c("red","purple","blue","cadetblue1", "white"))

可以使用as.xyz和as.bathy在数据类型之间进行转换

plot(papoue, image = TRUE, bpal = blues(100))