您是如何在heroku上安装rdkit的

Question

我需要在heroku中安装rdkit才能运行我的heroku应用程序。我使用以下命令在笔记本电脑上本地安装了rdkit

sudo apt-get install python-rdkit。

但是当我使用pip freeze生成需求文件时，生成的文件没有显示rdkit。并且pip install python-rdkit或pip install rdkit不起作用。谁能告诉我如何在heroku上安装rdkit？

Answer 1

安装anaconda和

conda install -c rdkit rdkit

按照这里的说明：http://www.rdkit.org/docs/Install.html

Answer 2

虽然这个问题是在大约七年前提出的，但我最近在做这个事情时遇到了同样的问题。因此，我正在编写我遵循并成功的过程，如果它对任何人有帮助的话。

首先在你的heroku项目上添加一个conda buildpack，因为rdkit在pip上不可用。我以前在我的rdkit项目中使用过this构建包。官方的conda构建包已被弃用，并且它不支持python3。如果您使用heroku cli，则只需插入以下命令即可使用此构建包：

heroku buildpacks:set https://github.com/pl31/heroku-buildpack-conda

此构建包需要用于conda包的environment.yml文件，而不是我们用于pip的requirements.txt文件。要从您的虚拟环境创建文件，请使用以下命令：conda env export > environment.yml。此命令还会列出所有pip包，因此您不需要为pip包单独创建文件。如果您想从这个文件创建一个虚拟环境，只需运行conda env create -f environment.yml即可。

一旦有了这个文件，就可以像部署任何其他python项目一样部署您的项目。