R中预测函数对于一个生物堆栈而不是另一个生物堆栈的问题

Question

我正在做物种分布建模(生态位建模)，我将一个模型投影到当前或未来的气候光栅(Bioclim变量)。

当我预测当前栅格(object=bio_stack)时，使用以下代码，一切正常：

#predict species current distribution using bio_stack
current_dist<-predict(object=bio_stack, model=mod_gam,filename="whitebark_current_dist_17April2014", 
           na.rm=TRUE, type="response", format="GTiff", overwrite=TRUE,
           progress="text")

但是，当我预测未来的栅格(object=future_bio_stack)时，此代码不会产生结果：

#predict species future distribution using future_bio_stack
future_dist<-predict(object = future_bio_stack, model=mod_gam,filename="whitebark_future_dist_17April2014", 
           fun=predict, na.rm=TRUE, type="response", format="GTiff", overwrite=TRUE,
           progress="text") 

相反，我收到以下警告消息：

In addition: Warning message:
In predict.gam(model, blockvals, ...) :
  not all required variables have been supplied in  newdata!

我要投射到的未来生物堆栈层在图像中看起来还可以，具有正常的最小和最大值(如果没有信誉得分，我无法发布图像)。

但是，在摘要中，future_bio_stack的最小和最大值看起来很奇怪，特别是与bio_stack相比。下面是每个堆栈的摘要，并提供了最小值和最大值：

> future_bio_stack

class       : RasterStack 
dimensions  : 4800, 5880, 28224000, 5  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
resolution  : 0.008333333, 0.008333333  (x, y)
extent      : -152, -103, 30, 70  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=longlat +ellps=WGS84 +no_defs 
names       : WC05future_clipped, WC06future_clipped, WC08future_clipped,     WC13future_clipped, WC15future_clipped 
min values  :             -32768,             -32768,                 -32768,             -32768,             -32768 
max values  :              32767,              32767,                  32767,              32767,              32767 

> bio_stack
class       : RasterStack 
dimensions  : 4800, 5880, 28224000, 5  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
resolution  : 0.008333333, 0.008333333  (x, y)
extent      : -152, -103, 30, 70  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
names       : WC05_clipped, WC06_clipped, WC08_clipped, WC13_clipped, WC15_clipped 
min values  :          -56,         -429,         -145,            7,            5 
max values  :          457,          100,          332,          767,          129 

你知道为什么bio_stack使用predict函数而future_bio_stack不使用吗？

Answer 1

我在这里回答我自己的问题，因为我刚刚弄明白了这一点。

为了将训练好的模型(使用bio_stack)投影到另一组光栅(例如，future_bio_stack)，则每个堆栈的列名必须相同。

我重命名了文件，并重新堆叠了future_bio_stack的栅格，使其名称与bio_stack中的名称相同：

> bio5future<-raster("WC05_clipped.tif") 
> bio6future<-raster("WC06_clipped.tif")
> bio8future<-raster("WC08_clipped.tif")
> bio13future<-raster("WC13_clipped.tif")
> bio15future<-raster("WC15_clipped.tif")
> 
> future_bio_stack<-stack(bio5future, bio6future, bio8future,
> bio13future, bio15future)

然后，我使用future_bio_stack作为我的对象，重新运行了预测函数，它起作用了。