在带Anaconda的操作系统上安装GalSim时出现问题

Question

我一直试图在安装了Anaconda并设置为默认python的OSX10.9Mavericks上安装GalSim，但遇到了以下错误：

Unable to build a python loadable module using the python executable:
/usr/bin/env python,
the library name libpython2.7.a,
and the libdir //anaconda/lib/python2.7/config.
If these are not the correct library names, you can tell scons the 
correct names to use with the flags EXTRA_LIB_PATH and/or EXTRA_LIBS.

在检查我的config.log文件时，有几个Undefined symbols for architecture x86_64:实例，即使我确保使用的编译器是clang++，正如GalSim常见问题解答中所建议的那样。

下面的例子也很多：

/usr/bin/env python < .sconf_temp/conftest_73 > .sconf_temp/conftest_73.out
Fatal Python error: PyThreadState_Get: no current thread
sh: line 1: 17019 Abort trap: 6           /usr/bin/env python < ".sconf_temp/conftest_73" > ".sconf_temp/conftest_73.out"

我不知道该做些什么来补救这种情况。我已经重新安装了Boost几次，在第一次之后每次都使用./b2 -a命令。我已经确保boost引用了/anaconda/bin/python，并通过检查每个安装的项目配置.jam文件来确认这一点。我已经使用了这些命令

./bootstrap.sh
./b2 -a toolset=clang cxxflags="-stdlib=libc++" linkflags="-stdlib=libc++" install

按照GalSim常见问题解答中的建议。除了尝试重新安装所有必需的软件包之外，我真的不确定还能尝试什么。在我走到最后一步之前，有没有人有什么建议？任何帮助都是非常感谢的。

下面是我最后一次运行scons的输出：

scons: Reading SConscript files ...
SCons is version 2.3.1 using python version 2.7.6
Python is from //anaconda/include/python2.7
Using the following (non-default) scons options:
   CXX = clang++
These can be edited directly in the file gs_scons.conf.
Type scons -h for a full list of available options.
Using python =  /usr/bin/env python
Using default PYPREFIX =  //anaconda/lib/python2.7/site-packages
Using compiler: /usr/bin/clang++
compiler version: 5.1
Determined that a good number of jobs = 2
Checking for C++ header file fftw3.h... yes
Checking for correct FFTW linkage... yes
Checking for boost header files... yes
Checking for C++ header file TMV.h... yes
Using TMV_LINK file: /usr/local/share/tmv/tmv-link
     -ltmv -lblas
Mac version is 10.9.3
XCode version is 5.1.1
Checking for correct TMV linkage... (this may take a little while)
Checking for correct TMV linkage... yes
Checking if we can build against Python... 
Unable to build a python loadable module using the python executable:
/usr/bin/env python,
the library name libpython2.7.a,
and the libdir //anaconda/lib/python2.7/config.
If these are not the correct library names, you can tell scons the 
correct names to use with the flags EXTRA_LIB_PATH and/or EXTRA_LIBS.

Please fix the above error(s) and rerun scons.
Note: you may want to look through the file INSTALL.md for advice.
Also, if you are having trouble, please check the INSTALL FAQ at 
   https://github.com/GalSim-developers/GalSim/wiki/Installation%20FAQ

Answer 1

我认为问题的症结在于anaconda的python库没有正确设置安装名称。下面是otool为我系统上的库报告的内容：

$ otool -L /anaconda/lib/libpython2.7.dylib 
/anaconda/lib/libpython2.7.dylib:
    libpython2.7.dylib (compatibility version 2.7.0, current version 2.7.0)
    /usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 111.0.0)
    /System/Library/Frameworks/CoreFoundation.framework/Versions/A/CoreFoundation (compatibility version 150.0.0, current version 476.0.0)
    /usr/lib/libgcc_s.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)

在Mac上(与其他Unix/Linux版本相反)，运行时加载程序会查看要加载到dylib或可执行文件中的所有库的安装名称。因为anaconda在这里没有正确设置，所以当GalSim或boost对其进行编译时，库只有文件名，没有目录。因此，加载程序不知道它在哪里，在正常的地方查找，并首先找到系统版本。

user2932864指向的答案基本上改变了运行时搜索顺序，将anaconda位置放在系统python之前，因此加载器会查找anaconda版本。但是，如果您希望在系统上同时使用这两个python选项，那么这个解决方案就不能很好地工作。更好的解决方案(IMO)是修复anaconda库文件。为此，只需输入(假设您的anaconda安装是在/anaconda中)：

sudo install_name_tool -id /anaconda/lib/libpython2.7.dylib /anaconda/lib/libpython2.7.dylib 

完成此操作后，我可以使用以下命令成功安装boost (1.53)

./bootstrap.sh --prefix=$HOME/anaconda_install/ --with-python=/anaconda/bin/python2.7
./b2 link=shared 
./b2 link=shared install

但是boost也有同样的问题。他们也没有正确设置libboost_python.dylib的安装名称。如果这是您系统上唯一的boost安装，那么您可能是对的。但是因为我有很多不同的版本，所以我不得不做

install_name_tool -id $HOME/anaconda_install/lib/libboost_python.dylib $HOME/anaconda_install/lib/libboost_python.dylib

然后，我可以使用anaconda python以正常的方式安装GalSim：

scons PYTHON=/anaconda/bin/python PREFIX=$HOME/anaconda_install BOOST_DIR=$HOME/anaconda_install
sudo scons install

Answer 2

是的，我相信这与我们的底层RPATH/@dynlib@逻辑有关，我们正在对其进行改造：https://github.com/conda/conda-build/pull/111。Linux支持目前已经实现，OS X和Windows都在待办事项列表上。

Answer 3

我认为你的问题可能与这个问题有关：Boost.Python python linkage error

简而言之，boost似乎有时会声称链接到anaconda python上，但它确实会链接到system python上。

该页面也有一个解决方案。这看起来有点笨拙，所以你可能想看看其他人是否有想法。但是如果不是，你可以试一下吗？