是否有用于avscale (FSL脚本)的nipype接口？

Question

我正在尝试使用nipype来分析FSL创建的转换矩阵。FSL有一个名为"avscale“的脚本，用于分析这些转换矩阵(*.mat文件)。我想知道nipype是否有任何接口可以包装该脚本并使其能够处理其输出。

谢谢

Answer 1

根据docs和current source，答案是否定的。此外，至少从去年2月以来，avscale也没有出现在nipy-devel邮件列表中。Nipype有可能已经包装了其他可以做到这一点的东西(也许是用matlab包装器？)你可以试试opening an issue或者问问mailing list。

只要你正在尝试使用Python (使用nipype和所有的)，也许nipype项目的理念就是你应该只使用numpy/scipy来完成这个任务？只是猜测，我不知道使用这些工具来复制此输出的功能。也有可能还没有人去添加它。

对于外行来说，avscale采用这个仿射矩阵：

1.00614 -8.39414e-06  0          -0.757356  
0        1.00511     -0.00317841 -0.412038  
0        0.0019063    1.00735    -0.953364  
0        0            0           1  

并产生以下或类似的输出：

Rotation & Translation Matrix:
1.000000 0.000000 0.000000 -0.757356 
0.000000 0.999998 -0.001897 -0.412038 
0.000000 0.001897 0.999998 -0.953364 
0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 

Scales (x,y,z) = 1.006140 1.005112 1.007354 

Skews (xy,xz,yz) = -0.000008 0.000000 -0.001259 

Average scaling = 1.0062

Determinant = 1.01872
Left-Right orientation: preserved

Forward half transform =
1.003065 -0.000004 -0.000000 -0.378099 
0.000000 1.002552 -0.001583 -0.206133 
0.000000 0.000951 1.003669 -0.475711 
0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 

Backward half transform =
0.996944 0.000004 0.000000 0.376944 
0.000000 0.997452 0.001575 0.206357 
0.000000 -0.000944 0.996343 0.473777 
0.000000 0.000000 0.000000 1.000000