将imshow与用户输入相结合

Question

我正在尝试使用trackpy (以下简称tp)进行粒子跟踪。我有一系列细胞样本的图像。自然，图像中有一些噪声。跟踪的第一步是从序列的第一张图像中选择哪些集群是细胞，哪些集群不是细胞。这很大程度上是由tp.locate完成的。这并不完美。我希望能够浏览一下tp.locate选择的“候选”，并指出每个候选是一个单元还是不是一个单元。

为此，我创建了函数ID。我们的目标是浏览tp.locate生成的“候选人”列表。我想通过显示(通过matplotlib的imshow函数)每个“候选人”，同时提示用户输入“候选人”是否是一个单元格来实现这一点。

问题是，请求用户输入似乎会抑制imshow函数的输出。每次通过for循环都会询问一个不同的候选对象，但imshow窗口实际上从未显示过该候选对象。我不知道如何解决这个问题，我觉得我离我的最终目标已经很近了，所以我真的很感谢大家的意见。

我不需要GUI，但是有没有什么方法可以让我用tkinter来处理这个问题呢？我不熟悉tkinter，但我读过一些东西，使我认为我可以用它来解决这个问题。

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

def framer(f,image,windowsize=(60,100)):
    arr = image[:,:] #This makes a copy of image, so that when the buffers are 
                     #added for the following process, the input image (image) 
                     #is not modified.
    h = windowsize[0]
    w = windowsize[1]
    hbuffer = np.zeros((h/2,arr.shape[1]))
    arr = np.concatenate((hbuffer,arr,hbuffer),axis=0) #Buffer takes care of situations
                                                       #where the crop window extends
                                                       #beyond input image dimensions         
    wbuffer = np.zeros((arr.shape[0],w/2))
    arr = np.concatenate((wbuffer,arr,wbuffer),axis=1)
    narr = np.zeros((f.shape[0],h,w)) #Initialize array of crop windows
    for i in range(f.shape[0]):
        crop_arr = arr[f.get_value(i,'y'):f.get_value(i,'y') + h,f.get_value(i,'x'):f.get_value(i,'x') + w]   #THIS MIGHT BE BACKWARDS
        narr[i] = crop_arr
    return narr

def ID(f,image,windowsize=(60,100)):
    arr = framer(f,image,windowsize=(60,100))
    f_cop = f[:]
    reslist = np.zeros((arr.shape[0]))
    for i in range(arr.shape[0]):
        plt.imshow(arr[i],cmap='gray')
        plt.annotate('particle '+repr(i),xy=(f.get_value(i,'x'),\
        f.get_value(i,'y')),xytext=(f.get_value(i,'x')+20,f.get_value(i,'y')+20),\
        arrowprops=dict(facecolor='red', shrink=0.05),fontsize=12,color='r')

        res = input('Is this a cell? 1 for yes, 0 for no, 5 to exit')
        if res == 1 or res == 0:
            reslist[i] = res
        if res == 5:
            break
        else:
            print('Must give a valid input! (0,1 or 5)')
    f_cop['res'] = reslist
    return f_cop[f_cop.res == 1]

Answer 1

尝试如下所示：

fig, ax = plt.subplots(1, 1)


for i in range(arr.shape[0]):
    ax.cla()
    im = ax.imshow(arr[i], cmap='gray', interpolation='nearest')
    plt.annotate('particle ' + repr(i), xy=(f.get_value(i, 'x'), f.get_value(i,'y')),
                  xytext=(f.get_value(i,'x')+20, f.get_value(i,'y')+20),
                  arrowprops=dict(facecolor='red', shrink=0.05),
                  fontsize=12,color='r')
    fig.canvas.draw()
    res = None
    while res not in (0, 1, 5):
        res = input('Is this a cell? 1 for yes, 0 for no, 5 to exit')
    if res == 1 or res == 0:
        reslist[i] = res
    elif res == 5:
        break
    else:
        print "should never get here"

你应该尽量避免使用pyplot是脚本，状态机会给你带来很大的麻烦。