如何编译lapack，以便在安装octave时可以正确使用？

Question

我正在尝试在运行redhat+IBM LSF的集群中从源代码安装最新的octave 3.8.1。除了我自己的home目录，我没有对其他任何地方的写访问权限，这就是为什么我必须从源代码安装octave。集群提供的blas和lapack不起作用，所以我必须自己构建它们。我现在已经完成了blas和lapack的编译，并通过了./configure，但是当我运行make时，报告的错误如下：

​

​

这些是我用来构建我自己的BLAS和LAPACK的步骤。BLAS源在~/src/BLAS中，LAPACK源在~/src/lapack-3.5.0中，octave 3.8.1源在~/src/octave-3.8.1中。只加载了两个模块1) pcre/8.33 2) acml/5.3.1/gfortran64后，我使用以下命令编译了BLAS共享库

gfortran -shared -O2 *.f -o libblas.so -fPIC

和静态库使用

gfortran -O2 -c *.f -fPIC
ar cr libblas.a *.o

然后，我将共享库libblas.so复制到~/src/octave-3.8.1。lapack目录下的make.inc文件内容如下：

####################################################################
#  LAPACK make include file.                                       #
#  LAPACK, Version 3.5.0                                           #
#  November 2013                                                   #
####################################################################
#
SHELL = /bin/sh
#  
#  Modify the FORTRAN and OPTS definitions to refer to the
#  compiler and desired compiler options for your machine.  NOOPT
#  refers to the compiler options desired when NO OPTIMIZATION is
#  selected.  Define LOADER and LOADOPTS to refer to the loader and 
#  desired load options for your machine.
#
FORTRAN  = gfortran 
OPTS     = -shared -O2 -fPIC
DRVOPTS  = $(OPTS)
NOOPT    = -O0 -frecursive
LOADER   = gfortran
LOADOPTS =
#
# Timer for the SECOND and DSECND routines
#
# Default : SECOND and DSECND will use a call to the EXTERNAL FUNCTION ETIME
#TIMER    = EXT_ETIME
# For RS6K : SECOND and DSECND will use a call to the EXTERNAL FUNCTION ETIME_
# TIMER    = EXT_ETIME_
# For gfortran compiler: SECOND and DSECND will use a call to the INTERNAL FUNCTION ETIME
TIMER    = INT_ETIME
# If your Fortran compiler does not provide etime (like Nag Fortran Compiler, etc...)
# SECOND and DSECND will use a call to the INTERNAL FUNCTION CPU_TIME
# TIMER    = INT_CPU_TIME
# If neither of this works...you can use the NONE value... In that case, SECOND and DSECND will always return 0
# TIMER     = NONE
#
#  Configuration LAPACKE: Native C interface to LAPACK
#  To generate LAPACKE library: type 'make lapackelib'
#  Configuration file: turned off (default)
#  Complex types: C99 (default)
#  Name pattern: mixed case (default)
#  (64-bit) Data model: LP64 (default)
#
# CC is the C compiler, normally invoked with options CFLAGS.
#
CC = gcc
CFLAGS = -O3
#
#  The archiver and the flag(s) to use when building archive (library)
#  If you system has no ranlib, set RANLIB = echo.
#
ARCH     = ar
ARCHFLAGS= cr
RANLIB   = ranlib
#
#  Location of the extended-precision BLAS (XBLAS) Fortran library
#  used for building and testing extended-precision routines.  The
#  relevant routines will be compiled and XBLAS will be linked only if
#  USEXBLAS is defined.
#
# USEXBLAS    = Yes
XBLASLIB     =
# XBLASLIB    = -lxblas
#
#  The location of the libraries to which you will link.  (The 
#  machine-specific, optimized BLAS library should be used whenever
#  possible.)
#
#BLASLIB      = ../../librefblas.a
BLASLIB      = ~/src/BLAS/libblas.a
LAPACKLIB    = liblapack.a
TMGLIB       = libtmglib.a
LAPACKELIB   = liblapacke.a

然后输入make编译LAPACK。编译后，我将输出liblapack.a复制到~/src/octave-3.8.1。

./configure命令行为：

./configure --prefix=$HOME/bin/octave --with-blas=./libblas.so --with-lapack=$HOME/src/octave-3.8.1/liblapack.a --disable-readline --enable-64

我可以传递./configure。然后我输入make来尝试构建octave 3.8.1，我得到了上面的错误。

从make.inc文件可以看出，我遵循了编译器"recompile with -fPIC“的建议，并相应地修改了make.inc。我还在OPTS变量中添加了-shared开关。此外，我已经尝试使用旧的LAPACK版本，但不起作用。我真的不知道为什么这个错误还会出现。所以我想知道您是否可以告诉我如何编译LAPACK库，以便在安装octave 3.8.1时可以正确使用它。以下两点可能值得考虑。(1)我应该将lapack编译为静态库还是共享库？(2)应该将-fPIC开关应用于lapack编译或octave的make吗？如果是后者，如何应用-fPIC来制作？你不必局限于以上两点，因为错误可能还有其他原因。欢迎任何解决这个问题的建议。如果您需要任何其他信息，请告诉我。谢谢。

Answer 1

刚刚编译了我老板的野兽的lapack共享库...这是a link，它几乎做到了这一点。我做了一些修改：

(1)添加-fPIC到

OPTS & NOOPT in make.inc

(2)将make.inc中的名称更改为.so

BLASLIB = ../../libblas.so

LAPACKLIB = ../liblapack.so

(3)在./SRC中，将Makefile从

../$(LAPACKLIB): $(ALLOBJ)
    $(ARCH) $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)
    $(RANLIB) $@

至

../$(LAPACKLIB): $(ALLOBJ)
    $(LOADER) $(LOADOPTS) -shared -Wl,-soname,liblapack.so -o $@ $(ALLOBJ) ../libblas.so

因为lapack正在调用blas，如果你错过了最后一部分，你的liblapack.so将会失败！您需要将liblapack.so链接到libblas.so ( libatlas.so也可以)。您可以使用"ldd liblapack.so“检查它的依赖关系。如果你看到libblas.so在里面，你基本上做得很对。

(4)在./BLAS/SRC中，将Makefile从

$(BLASLIB): $(ALLOBJ)
$(ARCH) $(ARCHFLAGS) $@ $(ALLOBJ)
$(RANLIB) $@

至

$(BLASLIB): $(ALLOBJ)
$(LOADER) $(LOADOPTS) -z muldefs -shared -Wl,-soname,libblas.so -o $@ $(ALLOBJ)

(5)我不需要libtmg.so，所以我没有改变它...跑

make blaslib 

然后

make lapacklib

您将对它们进行编译。我通过在其上构建一个numpy并加载Python ctypes.cdll来检查liblapack.so。对我来说，所有的工作都是为了解决特征值和特征向量。所以应该没问题...

(6)您可能需要将LD_LIBRARY_PATH设置为存储库文件的位置。谷歌一下..。如果未由管理员设置，则

export LD_LIBRARY_PATH=path-to-lib

如果已设置，则

export LD_LIBRARY_PATH=path-to-lib:$LD_LIBRARY_PATH

覆盖您的默认库。

这样就不会出现ld链接错误。祝你好运！

在lapack-3.7.0中，SRC/Makefile中有多余的行。只需删除它们就可以解决您的错误。

Answer 2

我建议使用OpenBLAS。

> git clone https://github.com/xianyi/OpenBLAS.git
> make
> make make --PREFIX=INSTALL_DIR install

将库从OpenBLAS移动到/usr/lib64

> cp /path/to/OpenBLAS/lib/* /usr/lib64/

然后转到octave安装路径并运行

> "your specific flags" ./configure "your specific arguments" --with-blas="-lopenblas"