基于FCM (标记)的脑MRI分割

Question

我正在使用模糊C均值进行脑MRI分割，体积图像是n个切片，我对每个切片应用FCM，输出是每个图像4个标签(灰质、白质、CSF和背景)，我如何为所有切片的每个材料提供相同的标签(颜色)我正在使用matlab

提前感谢

Answer 1

假设你的FCM函数工作正常，它应该为每个切片输出相同的4个标签值，例如[0 1 2 3]。实际上，这是一个显示问题，与实际的分割无关。如果标签被输出为不同的值，那就是另一个问题。正如文档所建议的那样，这可以使用label2rgb来完成。我可能会使用以下形式：

RGB = label2rgb(L, map)

其中，map是一个colormap。如果将相同的map传递给每个切片的label2rgb调用，则返回的标签将具有相同的颜色。这也可以相对容易地实现。假设您的标签是[0,1,2,3]，并且您的标签图像有一个变量labels，您可以这样做：

% //define your own custom colormap to be whatever you like
cmap = [1 1 1; ...% //white
        1 0 0; ...% //red
        0 1 0; ...% //green
        0 0 1];   % //blue
 labelVisSlice = zeros(size(labels,1),size(labels,2),3); % //make mxnx3 array
 tmp1=labelVisSlice(:,:,1);
 tmp2=labelVisSlice(:,:,2);
 tmp3=labelVisSlice(:,:,3);
 % //now loop over all the labels and fill in the colors. 
 for label=1:length(unique(labels))
    labeledVoxels = labels==label;
    % //I'm sure there is a much faster way to do this but It's not coming to mind
    tmp1(labeledVoxels)=cmap(label+1,1);
    tmp2(labeledVoxels)=cmap(label+1,2);
    tmp3(labeledVoxels)=cmap(label+1,3);
 end
 labelVisSlice=cat(3,tmp1,tmp2,tmp3);
 imagesc(labelVisSlice);