Biopython缩进错误

Question

我已经涉足biopython大约一年了，最近我升级到了Biopython版本1.59。我一直在通过一些教程来更新我的技能，但是当我运行for循环和biopython库中的任何模块时，我总是得到下面的错误：

    IndentationError: expected an indented block

只有当我从命令行终端调用用Komodo Edit版本7.0.2编写的.py文件时，我才会得到这个错误：

    Priyas-iMac:~ Priya$ python /Users/priya/Documents/Python/Tutorials/BioParse.py
    Traceback (most recent call last):
      File "/Users/priya/Documents/Python/Tutorials/BioParse.py", line 4, in <module>
        SeqIO.write(rc, "/Users/priya/Documents/Python/Tutorials/ls_orchid_rc.fasta", "fasta")
      File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/SeqIO/__init__.py", line 400, in write
        from Bio import AlignIO
      File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/AlignIO/__init__.py", line 147, in <module>
        import NexusIO
      File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/AlignIO/NexusIO.py", line 19, in <module>
        from Bio.Nexus import Nexus
      File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/Nexus/Nexus.py", line 15, in <module>
        import os,sys, math, random, copy
      File "/Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/random.py", line 27
        randLowHigh(5,10)
        ^
    IndentationError: expected an indented block

当我使用命令行调用我一年前编写的旧.py文件时，它们运行得很好。当我直接启动python并逐行输入教程示例时，它工作得很好：

    Priyas-iMac:~ Priya$ python 
    Python 2.7.3 (default, Apr 19 2012, 00:55:09) 
    [GCC 4.2.1 (Based on Apple Inc. build 5658) (LLVM build 2335.15.00)] on darwin
    Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
    >>> from Bio import SeqIO
    >>> for seq_record in SeqIO.parse("/Users/priya/Documents/Python/Tutorials/ls_orchid.txt","fasta"):
    ...      print seq_record.id
    ... 
    gi|2765658|emb|Z78533.1|CIZ78533
    gi|2765657|emb|Z78532.1|CCZ78532

我如何修复我的.py文件，这样我就可以从终端运行它了？

对这个问题的任何见解都将不胜感激！

Priya

Answer 1

事实证明，当我最初学习python时，我愚蠢地将一个教程文件命名为"random.py“，以练习制作随机数生成器。当biopython导入其他所需的模块时，它会一直指向该文件，而不是随机库模块：

  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/Bio/Nexus/Nexus.py", line 15, in <module>
    import os,sys, math, random, copy
  File "/Users/Priya/Documents/Python/Tutorials/random.py", line 27
    randLowHigh(5,10)

谢谢大家的帮助！

Answer 2

检查导入的所有文件和模块是否都有相同的缩进(制表符或空格以及相同数量的空格)。

从Style guide for Python code中，您可以读取：

在每个缩进级别使用4个空格。

对于那些你不想弄得一团糟的老代码，你可以继续使用8空格的制表符。

关于制表符和空格：

从不混用制表符和空格。

最流行的缩进Python的方法是只使用空格。第二种最流行的方式是只使用标签。使用制表符和空格混合缩进的代码应转换为仅使用空格。当使用-t选项调用Python命令行解释器时，它会发出有关非法混合制表符和空格的代码的警告。使用-tt时，这些警告会变成错误。强烈建议您使用这些选项！

对于新项目，强烈建议在制表符上仅使用空格。大多数编辑器都具有使这一点易于实现的功能。

也许Komodo正在自动更改某些内容(有些编辑器确实是这样做的)。尝试在更简单的编辑器中编辑该文件，并查找选项卡。您可以选择将空间和选项卡显示为可见。

希望它能帮上忙！