R中的FDR错误fdrtool

Question

我对pvalue使用了fdrtool，但我有一个错误：

if (max(x) >1| min(x) < 0) stop(“输入p值必须都在0到1的范围内！”)出错:缺少需要TRUE/FALSE的值

P值不小于0，大于1，p值范围为1,0。代码是：

   n=40000

 pval1<-vector(length=n)

 pval1[1:n]= pv1list[["Pvalue"]]

 fdr<-fdrtool(pval1,statistic="pvalue")

Answer 1

我运行你的代码没有问题(虽然我不能重现它，因为我没有对象"pvlist")。

由于你有一个缺失值错误，我的猜测是你在将csv文件读入R时遇到了问题。我推荐使用"read.table“函数，因为根据我的经验，它通常会从csv文件中读取数据而不会出错：

pvlist<- read.table("c:/pvslit.csv", header=TRUE,
sep=",", row.names="id")

现在，您需要检查行数和错失率：

nrow(pvlist) # is this what you expect?
nrow(na.omit(pvlist)) # how many non-missing rows are there?

此外，您还需要确保"p-value“列不是字符或因子：

str(pvlist) # examining the structure of the dataframe
pvlist[,2] <- as.numeric(pvlist[,2]) # assuming the 2nd column is the pvalue

简而言之，您很可能在读取数据帧中的数据或数据类时遇到问题。