在biopython中检索emboss产生的序列比对分数

Question

我正在尝试检索两个序列的比对分数，使用biopython中的emboss进行比较。据我所知，唯一的方法是从emboss生成的输出文本文件中检索它。问题是将有数百个这样的文件需要迭代。有没有一种更简单、更干净的方法来检索比对得分，而不是求助于此？这是我使用的代码的主要部分。

From Bio.Emboss.Applications import StretcherCommandline
needle_cline = StretcherCommandline(asequence=,bsequence=,gapopen=,gapextend=,outfile=)
stdout, stderr = needle_cline()

Answer 1

我也有同样的问题，在花了一些时间寻找一个整洁的解决方案后，我弹出了一个白旗。

但是，为了显著加快输出文件的处理速度，我执行了以下操作：

1)我使用re python模块来处理正则表达式，以提取所需的所有数据。

2)我为输出文件创建了一个ramdisk空间。这里使用的内存磁盘允许处理和交换RAM内存中的所有数据(比从硬盘驱动器写入和读取输出文件要快得多，更不用说在处理大量比对的情况下节省了硬盘)。

Answer 2

我不知道有没有专门为你指挥的。

对于Primer3CommandLine，有Primer3。让你的生活变得更轻松，比如：

from Bio.Emboss import Primer3
inputFile = "./wherever/your/outputfileis.out"
with open(inputFile) as fileHandle:
    record = Primer3.parse(fileHandle)
    # XXX check is len>0
    primers = record.next().primers
    numPrimers = len(primers)
    # you should have access to each primer, using a for loop
    # to check how to access the data you care about. For example:

我也会检查http://biopython.org/wiki/SeqIO#Sequence_Input