在python中用html标记序列中的突变位置

Question

我想知道在python或biopython中是否有任何方法可以让人在html中标记一个序列。

我想标记一个序列上的位置(即不同的颜色基础)，根据那个位置是否是已知的snp/indel等

在数组中具有突变位置的列表(从数据库读取)，例如

mutation_position = 10,20,30,40

我可以使用如下命令更改受影响的基础的大小写: seq = seq0:b + mutation_positionsb.lower() + seq(b+1):len(seq)

但是是否可以添加一些html代码，例如为每个突变位置添加标签pos。(当html标记被添加到序列中时，序列的长度会改变，因此在循环的每次迭代期间，突变位置与新标记的序列不匹配！)

我希望这是有意义的！

谢谢。

Answer 1

如果你想让你的突变变成绿色，并且你有一个突变列表(索引为0)：

>>> seq = "ACGTACGT"
>>> muts = [0,1,5]
>>> mark_up = "<span style='color:green;'>%s</span>"

# use list comprehension to add mark up to muts
>>> marked_up_seq = [ mark_up % seq[x] if x in muts else seq[x] for x in range(0,len(seq)) ]

# rejoin marked up list
>>> "".join(marked_up_seq)
"<span style='color:green;'>A</span><span style='color:green;'>C</span>GTA<span style='color:green;'>C</span>GT"
>>> 

为了清楚起见，请使用数字：

>>> seq = "0123456789"
>>> muts = [1,3,4,9]
>>> marked_up_seq = [ mark_up % seq[x] if x in muts else seq[x] for x in range(0,len(seq)) ]
>>> "".join(marked_up_seq)
"0<span style='color:green;'>1</span>2<span style='color:green;'>3</span><span style='color:green;'>4</span>5678<span style='color:green;'>9</span>"

这不是最优雅的解决方案，请注意3和4周围的标签可以组合在一起。