biopython test_Tutorial ...失败

Question

我是编程新手。我正在尝试在mac os x 10.5上安装biopython。

这就是我到目前为止所做的。

1. 安装了xcode
2. 安装了numpy
3. 在终端中运行以下命令

python setup.py build

python setup.py test

测试报告了一次失败。

test_Tutorial ... FAIL
ERROR: Run tutorial doctests.

Traceback (most recent call last): File "test_Tutorial.py", line 152, in test_doctests ValueError: 4 Tutorial doctests failed: test_from_line_05671, test_from_line_06030, test_from_line_06190, test_from_line_06479

感谢您的帮助或建议。

Answer 1

该文件test_Tutorial.py在主要的Biopython教程和食谱( http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html / http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.pdf )的源代码中运行标记的示例，以检查示例是否按预期工作。在内部，它使用与Python的doctest示例相同的库。

通过几个例子说明test_Tutorial.py失败的事实可能是一个无害的问题。

您使用的是哪个版本的Biopython？如果这是一个官方版本，那么失败是意想不到的。如果它是来自git存储库的快照，那么这是不幸的。如果你很好奇，你可以试着看看更多的信息：

$ cd Tests
$ python test_Tutorial.py

这类问题可能更容易在Biopython邮件列表http://biopython.org/wiki/Mailing_lists上讨论。

Answer 2

我发现设置一个好的编程环境的最简单的方法是使用MacPorts，因为它有一种很好的方法来确保在安装东西时满足所有依赖项。不过，您需要熟悉终端和命令行。

用于OSX10.5的

1. Install MacPorts。Read the documentation too.
2. Restart.
3. Open Terminal.app并输入sudo port selfupdate以确保端口文件定义是最新的。
4. 运行sudo port install py27-biopython以安装最新版本的Python2 (2.7.3)、numpy和biopython。这需要一段时间。
5. 运行echo $PATH并确保/opt/local/bin和/opt/local/sbin` `位于开头。
6. 运行which python并确保它返回/opt/local/bin/python。如果没有，请运行sudo port install python_select并按照其说明选择默认的python version.
7. Hopefully，。此时，您可以运行python进入交互式解释器，import Bio不会给出任何错误。

祝好运!