如何将XML中的多个同名节点转换为R中的df/list？

Question

这是我第一次使用XML使用R，所以我的问题可能听起来很天真，如果不是愚蠢的话……我下载了一个XML文件，格式是

<experiment>
  <sampleattribute>
    <category>AGE</category>
    <value>8</value>
    <value>10</value>
    <value>11</value>
  </sampleattribute>
  <sampleattribute>
    <category>SEX</category>
    <value>female</value>
    <value>male</value>
  </sampleattribute>
</experiment>
<experiment>
  <sampleattribute>
    <category>DESIGN</category>
    <value>control</value>
    <value>disease</value>
  </sampleattribute>
</experiment>
<experiment>
  <sampleattribute>
    <category>AGE</category>
    <value>8</value>
    <value>10</value>
    <value>11</value>
  </sampleattribute>
  <sampleattribute>
    <category>SEX</category>
    <value>female</value>
  </sampleattribute>
  <sampleattribute>
    <category>DESIGN</category>
    <value>control</value>
    <value>disease</value>
  </sampleattribute>
</experiment>

如您所见，每个实验节点都有不同的sampleattribute。我希望将每个实验中的所有sampleattribute连接在一起，最终将其转换为数据帧。

我已经尝试了attr<- xpathSApply(myxml，“//实验/sampleattribute”)，但是没有办法追踪哪个实验有什么sampleattirbutes。

非常感谢您的任何建议。

Answer 1

您不能用这样的XML得到一个dataframe，而只能得到一个列表。

使用XML包，您可以执行此操作，例如：

doc = htmlParse(txt,asText=TRUE)

res = lapply(xpathSApply(doc,'//experiment'),
       function(x){
         category = xpathSApply(x,'sampleattribute/category',xmlValue)
         values = xpathSApply(x,'sampleattribute/value',xmlValue)
         list(category=category,
              values =values)
       })

然后你可以检查你的结果：

 str(res)
 List of 3
 $ :List of 2
  ..$ category: chr [1:2] "AGE" "SEX"
  ..$ values  : chr [1:5] "8" "10" "11" "female" ...
 $ :List of 2
  ..$ category: chr "DESIGN"
  ..$ values  : chr [1:2] "control" "disease"
 $ :List of 2
  ..$ category: chr [1:3] "AGE" "SEX" "DESIGN"
  ..$ values  : chr [1:6] "8" "10" "11" "female" ..