在R中使用lineplot.CI函数中的子集需要帮助

Question

我是一名统计学家和R新手，正在使用RStudio学习很多关于这两方面的知识。我导入了一个数据框架，其中包含纵向平衡研究设计中混合效应方差分析的长格式数据。我的数据有以下标题:治疗、主题、日期、年龄和体积。我可以使用以下代码单独按年龄组或仅按治疗组绘制图形：

lineplot.CI(mri$Date,mri$Les.V.PD, mri$Age,main="Mean Lesion Volume by Age Group on PD Sequences",xlab="MRI timepoints (months post treatment)", ylab="Lesion Volume(cm^3)")

我想用lineplot.CI绘制，日期在x轴上，4条线:2年治疗，6年治疗，2年对照，6年对照。此代码仅生成按年龄组绘制的线条图：

lineplot.CI(mri$Date,mri$Les.V.PD,mri$Age,subset=mri$Treatment %in% c("MSC","Control"),main="Mean Lesion Volume by Age Group on PD Sequences", xlab="MRI timepoints (months post treatment)", ylab="Lesion Volume(cm^3)")

这段代码给出了与上面代码相同的线条图：

lineplot.CI(mri$Date,mri$Les.V.PD,mri$Age,subset= .(mri$Treatment == "MSC" | mri$Treament == "Control"),main="Mean Lesion Volume by Age Group on PD Sequences",xlab="MRI timepoints (months post treatment)", ylab="Lesion Volume(cm^3)")

我还尝试了这段代码的各种不同版本：

lineplot.CI(mri$Date,mri$Les.V.PD,mri$Age,subset(mri,Treatment == "MSC"|Treatment =="Control"),main="Mean Lesion Volume by Age Group on PD Sequences",xlab="MRI timepoints (months post treatment)", ylab="Lesion Volume(cm^3)")

或

lineplot.CI(mri$Date,mri$Les.V.PD,mri$Age,subset(mri, !(Treatment == "MSC"|Treatment == "Control")),main="Mean Lesion Volume by Age Group on PD Sequences",xlab="MRI timepoints (months post treatment)", ylab="Lesion Volume(cm^3)")

并得到以下错误：

Error in subset.default(mri$Treatment == "MSC" | mri$Treament == "Control") : 

参数"subset“缺失，没有默认值

Error in match.arg(type) : 'arg' must be NULL or a character vector

我知道这个子集包含在lineplot.CI中，但是我见过的所有示例都显示了subset=NULL。我更喜欢继续使用lineplot.CI，因为它会自动插入错误条，而且我对ggplot2也不熟悉。

谢谢

Answer 1

您可以使用：

lineplot.CI(xField, yField, group=gField, data=subset(dataSource, 
                                               field1=="value1" | field2=="value2"))

问题的作者尝试使用带有参数“lineplot.CI”的子集命令。取而代之的是，可以使用带有子集的值的参数"data“。

因此，不是使用

lineplot.CI (...，subset=(数据源，select表达式)，...)

我们的想法是使用：

lineplot.CI(...，data=subset(数据源，select表达式)，...)

这种另一种方式对我很有效。

Answer 2

我也陷入了同样的问题...经过一些研究，我发现lineplot.CI documentation不仅缺少很多有用的信息，而且当它们实际上是外部方法时，它提供了一些函数，就好像它们是它的一部分，这些函数可以是结合和lineplot.CI，以达到特定的结果。子集是R环境的基本函数，因此它不依赖于lineplot.CI。This link提供了有关子集的更多信息，但可以在R包中提供的脱机文档中找到更好/更深入的说明。在R命令行上键入

help(subset)

您将看到将其应用于数据帧的有趣方法。

将新创建的子集分配给lineplot.CI的data参数，您将获得所需的结果。例如(基于您的数据)：

​

df <- subset(
        mri, 
        Treatment %in% c("MSC", "Control"), 
        select = c( Treatment, Subject, Date, Age, Volume )
      )
lineplot.CI(
   data = df,
   x.factor = Date, 
   response = Les.V.PD,
   group = Age,
   main="Mean Lesion Volume by Age Group on PD Sequences",
   xlab="MRI timepoints (months post treatment)", 
   ylab="Lesion Volume(cm^3)"
)

​