R Igraph错误：“权重向量必须为正数，无效值”

Question

我已经在iGraph中构建了几个图表。在每个图中，节点表示单词，边权重表示单词A作为对单词B的响应(在单词关联任务中)的次数。在每个图中，我使用以下代码对边权重进行了归一化，使它们在0和1之间变化：

E(G)$weight <- E(G)$weight / max(E(G)$weight)

这些值在分析节点/网络强度时是合适的，但在计算与介数相关的函数时(例如，调用介数函数，或使用基于介数的社区检测)，它们需要更改为距离-即反转：

G2 = G
E(G2)$weight = 1 - E(G2)$weight

问题是，这会导致向量包含几个0(即，对于那些在被反转之前强度为1的向量)。这会导致错误消息(至少，我认为这是原因)，例如：

Error in cluster_edge_betweenness(G2.JHJ.strong, weights = E(G2.JHJ.strong)$weight,  : 
  At community.c:455 : weights must be strictly positive, Invalid value

对此我们能做些什么呢？

谢谢,

彼得

Answer 1

如果你想安全起见，你可以尝试sum而不是max来归一化权重，例如，

E(G)$weight <- E(G)$weight / sum((E(G)$weight)

或

E(G)$weight <- 2**((E(G)$weight - min(E(G)$weight)) / diff(range(E(G)$weight)))