安装无atlas的sci-kit learn

Question

我正在尝试安装scikit-learn，这样它就不能访问ATLAS (其他BLAS和LAPACK库也可以)。有没有办法将安装设置为不使用ATLAS？对于这个基本的问题，我很抱歉，但我看不到一个好的方法。

我想这样做的原因:我在一个集群上工作，我不能构建atlas，但是它的预安装版本被破坏了(在16个内核上编译，节点上只有8个内核，pthread问题)，所以当我安装scikit-learn my scikit-learn尝试启动这些库时，我得到了错误。

谢谢

编辑:看起来我做错了一些事情，实际上在我针对openblas进行编译之后，scipy仍然是坏的。在我得到的一个单元测试中：

文件/var/tmp/portage/sci-libs/atlas-3.10.1-r2/work/ATLAS//src/threads/ATL_thread_start.c的第111行，断言!pthread_create(&thr->thrH，&attr，rout，arg)失败

现在有点不太可能，但你知道为什么我的scipy版本会考虑ATLAS吗？

Answer 1

如果找到的话，Numpy，scipy和scikit-learn都会尝试链接到ATLAS。如果在系统上找不到ATLAS或其他BLAS/LAPACK，那么scikit-learn可以根据自己的BLAS嵌入式子集进行构建，而scipy无论如何都需要BLAS/LAPACK实现。

你可以做的就是构建你自己的numpy，scipy和scikit版本--学习本地构建的ATLAS或者OpenBLAS (后者在github上的主分支)。

为此，您需要在构建之前自定义numpy和scipy源文件夹中的site.cfg文件。

此外，您还应该使用类似以下内容来构建OpenBLAS：

make TARGET=NEHALEM NO_AFFINITY=1 NUM_THREADS=8 USE_OPENMP=0