R中的RDA绘图问题

Question

在使用R进行多变量分析方面，我是一个新手。我正在尝试获得一个RDA图，描述我的物种丰富度和环境数据之间的关系。我有6个环境变量。但是当我得到这个图时，我只能看到两个单独代表两个变量的向量。我使用的命令如下所示。

data <- read.csv("all_data.csv",h=T); 
library(vegan)
sp1 <- data[,c("Sample","Acidobacteria","Actinobacteria","Aquificae","Bacteroidetes")];
env1 <- data[,c("Nitrogen","TOC","Phosphate","Sand","Silt","Clay")];
myrda <- rda(sp1,env1)
plot(myrda,scaling=2)

谁来帮我解决这个问题。我希望在我的RDA图中看到所有6个环境参数。

Answer 1

下面是一个使用素食者的示例数据varespec和varechem的示例。rda模型的图自动显示所有14个环境变量：

library(vegan)
data(varespec)
data(varechem)
myrda <- rda(varespec, varechem)
myrda
colnames(varechem) # 14 variables
plot(myrda,scaling=2) # 14 vectors shown

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也许可以仔细检查一下您的data.frames是否正确地包含了变量名，这样绘图就知道从哪里获取标签了。我还会确保您的数据拆分工作正常-我不认为您的方法将始终有效。这里有一个可能的替代方案，它应该：

sp.incl <- match(c("Sample","Acidobacteria","Actinobacteria","Aquificae","Bacteroidetes"), colnames(data))
sp1 <- data[,sp.incl]

env.incl <- match(c("Nitrogen","TOC","Phosphate","Sand","Silt","Clay"), colnames(data))
env1 <- data[,env.incl]