Biopython NCBIWWW.qblast测试文件-hangs on

Question

当我尝试运行由Biopython提供的用于NCBIWWW.qblast在线搜索的测试文件时，它只是挂起并继续，并且没有响应。当我试图自己运行任何包含NCBIWWW.qblast的脚本时，也会发生同样的情况:它只会到达此行并停止运行。不会发出任何错误消息，不会收到任何结果，并且过程永远不会以任何方式结束。

产生问题的脚本之一是以下脚本：

from Bio.Blast import NCBIWWW
result_handle=qblast('blastn', 'nt', 'AGAAAGGGTATATAAAATCAAGAATCTGGGGTGTTTGTGTTGACTTGTATAATTCTTGATTTTTTCAGGTAGTTGAAAAGGTGGGAGAAAAGTGGAGAAGCCTAAGCTGATATTGAAATTCATATGGATGGAAGAACATTGGTTTAGGATTGGATCAAAAAATAGGTGGACATGGAACTGTA')

问题可能是什么？

Answer 1

这是完全错误的。这可能是因为您的internet连接丢失或服务器响应太慢。对于任何NCBI查询搜索，都需要几分钟时间才能给出响应。我很快就收到了回复，再试一次，做个小改动，对你来说应该也没问题：

>>> from Bio.Blast import NCBIWWW
>>> result_handle=NCBIWWW.qblast('blastn', 'nt', 'AGAAAGGGTATATAAAATCAAGAATCTGGGGTGTTTGTGTTGACTTGTATAATTCTTGATTTTTTCAGGTAGTTGAAAAGGTGGGAGAAAAGTGGAGAAGCCTAAGCTGATATTGAAATTCATATGGATGGAAGAACATTGGTTTAGGATTGGATCAAAAAATAGGTGGACATGGAACTGTA')
>>> result_handle
<cStringIO.StringI object at 0x7f3b3cad6718>

它应该返回一个要处理的对象！