Knitr全球环境

Question

我似乎无法让R markdown/knitr在R中查看/使用我的全局环境中的对象。

根据我所读到的内容，knitr应该使用全局环境作为标准，但是我在代码块中包含的每个对象都会返回错误

## Error: object 'XXX' not found

我是不是遗漏了一些非常简单的东西？

是否需要先从全局环境手动加载对象？

提前感谢

马蒂

Answer 1

如果您已经将对象保存到文件中，则用于标记的一种简单方法如下所示：

if(file.exists("rfModel.Rda")){
  load("rfModel.Rda")} else {
modFit <- train(class~.,method="rf",data=train)
}

这有效地绕过了冗长的模型构建时间，只在它还不作为对象存在的情况下构建它，因此它保留了可重复性。这类似于缓存的概念，但更通用的IMHO。

Answer 2

听起来你想让相同的代码同时适用于knitr和你的全局环境。当构建在构建过程中需要测试的复杂Rmd文件时，这可能很有用。

问题在于，当你按knit时，knit使用的是本地文件夹，而不是查找项目主文件夹(即Rproj -我假设你使用相对路径)。所以当你运行代码时，它只对其中的一个起作用。解决这个问题的方法是使用到项目文件夹的相对路径在Rmd中编写代码(就像在普通的R脚本中一样)，然后重定向code以使用项目主文件夹。为此，请在rmd脚本的顶部插入以下代码。

 ```{r setup, include=FALSE}
    library(knitr)

    dd <- getwd()
    knitr::opts_knit$set(root.dir  = paste0(dd,'/../../'))
    knitr::opts_chunk$set(cache.path = paste0(dd,'/cache/'))
    knitr::opts_chunk$set(fig.path = paste0(dd,'/figures/')) 

    ```

此代码执行以下操作：

• 首先，查找rmd的当前目录。
• 第二，设置项目根目录。我将我的文件放在两个文件夹中，因此是“/../../”，这将需要根据您的文件夹结构进行调整。
• 第三，您需要手动设置缓存文件夹路径，因为默认设置不再起作用，因此缓存不起作用。
• 最后，对figures文件夹执行相同的操作，因为您同样需要覆盖默认设置。

祝你编码愉快。