Python:需要获取电荷对的能量

Question

我是python的新手。我必须为一个以PDB格式文件作为输入并返回所有链内和链间电荷对及其能量的列表的项目编写程序(使用库仑定律，假设介电常数()为40.0)。为了简单起见，本程序的带电残基只有Arg (CZ)，Lys (NZ)，Asp (CG)和Glu (CD)，每个带电荷的原子都在括号中表示。该计划应报告任何有吸引力的或排斥的相互作用在8.0？

以下是该程序所需的一些附加信息。

Eij = energy of interaction between atoms i and j in kilocalories/mole (kcals/mol)
qi = charge for atom i (+1 for Lys or Arg, -1 for Glu or Asp)
rij = distance between atoms i and j in angstroms using the distance formula

输出应遵循以下格式：

First residue : Second residue  Distance           Energy
Lys 10 Chain A: ASP 46 Chain A D= 4.76 ang    E= -2.32 kcals/mol

(由于某种原因，我不能组织前两行，但是第一行应该是标签，在它下面是相应的值。)

我真的不知道如何解决这个问题，任何和所有的帮助都非常感谢。我希望这是一个可以问的地方。提前谢谢你。

使用python 2.5

Answer 1

到底是你的问题在哪里？你的描述太笼统了。

大体思路如下：

• 加载PDB文件并解析每一行。
• 将在嵌套循环中为您提供原子列表及其(x，y，z)原子，以便将每个原子相互比较。
• 计算原子对的距离。
• 如果原子对的距离小于8.0，则计算其电荷。

< positions.

• Iterate >F213>

Answer 2

你看过已经完成的解决方案了吗？

http://biopython.org/wiki/Biopython

http://pymmlib.sourceforge.net/

如果你想开发自己的数据库格式解析器，你可以使用implement数据库格式解析器(这很简单)。然后假设你的结构是原子的(我知道这不是你想要的，但也许这会给你提供如何做到这一点的想法)：

for i in range(len(atoms)):
   for j in range(i):
        r = distance(i,j)
        if r < 8: Q += (atoms[i].q * atoms[j].q)/r

但是，您必须小心氢，它们通常没有明确提供，特别是与核磁共振数据