R heatmap.2 in gplots -当树状图通过时，无法复制该图：

Question

我正在尝试通过heatmap.2生成一个图，但我想了解集群是如何完成的。因此，我尝试在函数调用之前复制树状图，并用它们绘制。然而，最终的数字是不同的。有什么线索吗？

热图1：

h<-heatmap.2(dat,col=redgreen, trace="none",
          xlab="Samples", ylab="Genes" ,scale="none" )

与

热图2：

Rowv <- hclust( dist(dat))   #defaults to  method="euclidean" and method="complete") 
Colv <- hclust(dist(t(dat))) #same as above

heatmap.2(dat, Rowv=as.dendrogram(Rowv), Colv=as.dendrogram(Colv),
          col=redgreen, trace="none",
          xlab="Samples", ylab="Genes",scale="none" )

这两个会生成不同的热图。有什么线索吗？

Answer 1

试一试

Rowv <- as.dendrogram(hclust(dist(X)))

也许as.dendrogram在这里起到了作用。R仍然是一团糟^W^W对我来说是个谜。

Answer 2

我来晚了，不过我会尽力的。我不知道heatmap.2，但是默认情况下heatmap会对树状图进行重新排序。

要获得与不提供预计算树形图时完全相同的结果，您必须这样说(对于行树形图)：

Rowv <- hclust( dist(dat))
Rowv <- reorder(as.dendrogram(Rowv), rowMeans(dat)) # reorder by the row means of dat <br/>

heatmap(dat, Rowv=Rowv, Colv=Colv=as.dendrogram(Colv),col=redgreen, trace="none",xlab="Samples", ylab="Genes",scale="none" ) 
# leaving everything else as in your original message