rpy2测试在ubuntu上获得"NotImplementedError:从rpy2 DataFrame到pandas‘DataFrame的转换“

Question

如果有人能在这里帮我，我会很高兴的。

我使用的是ubuntu13.10和Python2.7，R 3.0.1，并且我已经成功地按照rpy2安装指南进行了测试。

当使用这个命令python -m 'rpy2.tests'通过提示符运行测试时，我得到以下错误：

rpy2 version: 2.3.8
built against R version: 3-0.1--62743
............................................................................................ ............................................................................................ .........................................................................................................E...........................................................
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ERROR: testPandas2ri
(rpy2.robjects.tests.testPandasConversions.PandasConversionsTestCase)
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Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/tests/testPandasConversions.py", line 74, in testPandas2ri
    pandas_df = robjects.conversion.ri2py(rdataf)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/pandas2ri.py", line 63, in ri2pandas
    raise NotImplementedError("Conversion from rpy2 DataFrame to pandas' DataFrame")
NotImplementedError: Conversion from rpy2 DataFrame to pandas' DataFrame

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Ran 349 tests in 4.297s

在python解释器中安装时，我得到了同样的错误。我在哪里可以找到这个转换包？

Answer 1

看起来这段代码现在有点不稳定。显然，有很多人(包括我自己)使用rpy2和pandas，但是rpy2还没有稳定的内置转换器。您可以在rpy2的当前开发版本中尝试this module：

from rpy2.robjects.pandas2ri import pands2ri
rpy2.robjects.pandas2ri.activate()

根据源代码中的注释，上面的代码看起来还不稳定，所以您最好根据该模块中的函数编写自己的代码。

您也可以尝试来自pandas的代码。请参阅此处获取pandas/rpy2接口的文档(实际上，在本文档编写后，该接口已经更新)：

http://pandas.pydata.org/pandas-docs/dev/r_interface.html

和源代码：

https://github.com/pydata/pandas/blob/master/pandas/rpy/common.py

例如：

import pandas.rpy.common as com
r_dataframe = com.convert_to_r_dataframe(df)

如果你找不到答案，可以随意提出你遇到的具体问题。