HDF5:将线性数组保存为三维数据集

Question

我在将c++中的线性数组保存到hdf5文件中的三维数据集时遇到了一个小问题。

内存中的布局如下所示：

    |---+---+---+---+---+---+---+---+---+---+----+----|
    | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 |
    |---+---+---+---+---+---+---+---+---+---+----+----|

当它被程序这样解释时：

         x
    |---+---+---| 
    | 0 | 1 | 2 |
z=0 |---+---+---| y
    | 3 | 4 | 5 |     
    |---+---+---|

           x
    |---+----+----|
    | 6 |  7 |  8 |
z=1 |---+----+----|  y
    | 9 | 10 | 11 |
    |---+----+----|

使用以下代码，将此数组保存到HDF5文件中的三维数据集

std::vector<int> buffer;
for(int i = 0; i < 12; ++i)
   buffer.push_back(i);
hsize_t dims[3] = {2,3,2};
    hisze_t mem_dim[1] = {12};
hid_t file = H5Fcreate (FILE, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
    hid_t space = H5Screate_simple (3, dims, NULL);
hid_t mem_space = H5Screate_simple(1,mem_dim,NULL);

hid_t dset = H5Dcreate (file, DATASET, H5T_STD_I32LE, space, H5P_DEFAULT,
                       H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
herr_t status = H5Dwrite (dset, H5T_NATIVE_INT, mem_space, space, H5P_DEFAULT,
                   &buffer[0]);

这将导致如下的布局：

         x
   |---+---+----|      
   | 0 | 2 |  4 |
z=0|---+---+----| y
   | 6 | 8 | 10 |
   |---+---+----|

         x
   |---+----+----|
   | 1 |  3 |  5 |
z=1|---+----+----|  y
   | 7 | 9  | 11 |
   |---+----+----|

我猜这是因为行-主要格式(z是变化最快的索引)。不管怎样，有没有可能只调用一次H5DWrite就强制hdf5写出预期的格式呢？

我想出了这个想法，但它不起作用。我想我搞错了hyperslaps的功能。

    ... //Same as above, but before H5DWrite
    hsize_t start[3];
    hsize_t stride[3];
    hsize_t count[3];
    hsize_t block[3];

    //Select two blocks from array. First for z=0, second for z=1
    start[0] = 0;
    stride[0] = 6;
    count[0] = 2;
    block[0] = 6;
    status = H5Sselect_hyperslab (mem_space, H5S_SELECT_SET, start, stride, count,
             block);

    start[0] = 0;
    start[1] = 0;
    start[2] = 0;

    stride[0] = 2;
    stride[1] = 3;
    stride[2] = 1;

    count[0] = 1;
    count[1] = 1;
    count[2] = 2;

    block[0] = 2;
    block[1] = 3;
    block[2] = 1;

    status = H5Sselect_hyperslab (space, H5S_SELECT_SET, start, stride, count,
             block);

    status = H5Dwrite (dset, H5T_NATIVE_INT, mem_space, space, H5P_DEFAULT,
                      &buffer[0]);

在我对H5Sselect_hyperslab的解释中，为mem_space定义的两个块映射到文件空间的两个块。但实际上结果与上面描述的是一样的。有没有可能在不重新格式化数组和不在循环中调用H5DWrite的情况下实现预期的行为？

我

Answer 1

超级实验室只能跳过单元格，而不能对其重新排序。所以我觉得你不走运。

正如您所说，有两种解决方案：

1. 在文件中对数组进行重新排序。新的维度将是：

hsize_t dims3 = {2,2,3}；^^^z i j

然后，您可以在一次写入中转储数组。

• 在循环中逐个写入数组。

在内存中重新排序数组将是浪费时间。