在vegan::simper中用于多个比较的选项

Question

我正在使用vegan包中的adonis函数来确定几个不同因素之间社区(PCB同类者)的不同之处。我还决定使用simper函数来评估哪些社区成员对观察到的差异做出了最大贡献。有没有办法在simper函数中包含多个因子？我成功地运行了如下所示的adonis模型，但simper函数的相应代码不起作用。非常感谢。

# Adonis model
pcbtest3 <- adonis(pcbcong ~ FISH_CLASS+REACH+BASIN,
                   data=pcbcov,
                   method="bray",
                   permutations=999
                   )
# pcbcong=matrix of community dissimilarities
# FISH_CLASS,REACH, BASIN are factors
# Simper
simp <- with(pcbcov, simper(pcbcong,(FISH_CLASS, BASIN, REACH)))

Answer 1

simper只能与一个分组变量一起使用。

一种解决方法是使用interaction()根据所有三个因素创建一个新的分组变量。

对此的解释将是尴尬的(取决于你有多少因素水平)，我不知道这是否有意义-所以要小心。