一次命中多个HSP是什么意思？

Question

我是生物信息学领域的新手。我正在看一个BLAST xml输出文件，我试图理解为什么在每个blast命中下都有多个HSP。我知道HSP代表高分段对，但我真的不明白为什么多个HSP被分配给一个单一的命中。

Answer 1

好的，所以我给你一个大概的概念。例如，对于序列A和序列B，序列的多个部分可能相同/相似或得分较高。更具体地说：

序列A：#######AAAAAA????????ATCG///////////////////////////////

序列B：#######CCCCCC????????ATCG///////////////////////////////

因此，您将获得上述两个序列的三个结果。一个用于“#”部分，另一个用于“？”部分，最后一个用于'/‘部分。无论如何，我很高兴越来越多的人开始质疑与生物信息学相关的东西。

干杯!