关键字错误:使用rpy2调用geoR中的as.geodata函数

Question

我正在处理的脚本中包含了SyntaxError: keyword can't be an expression。

我正在使用Python语言中的rpy2 (和R包geoR)来处理一个数据表，该数据表是使用R的数据库函数从PostgreSQL数据库检索的。数据是具有坐标的空间数据和将在地统计模型中使用的2列数值数据。

在数据库查询调用之后，dataframe对象x如下所示：

    easting northing location attrib1 attrib2    category
1  658394.3 204987.5       p1         4.91        26.17 soil
2  658657.1 205116.7       p2         4.85        27.43 soil
...

我为geoR函数创建了一个对象，如下所示：

from import import geo = rpy2.robjects.packages (‘geoR’)

将geoR函数调用为

y=geo.as_geodata(x)  

工作，但如果没有参数data.col，它会将位置属性指定为数据属性。(坐标属性后的第一列为默认值。)

正在尝试：

y=geo.as_geodata(x,geo.data_col="4:5")

产生：

SyntaxError: keyword can't be an expression

我似乎绕不开它。我已经看了这里的一些帖子，也在网上四处看看，但我不能理解这一条。

Answer 1

我认为错误是由于您试图将两列传递给data_col命令造成的。下面是一个使用gstat包中的meuse数据集的工作示例。

import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects.packages import importr 
geo = importr('geoR')
gstat= importr("gstat")
robjects.r("data(meuse)")
x = robjects.r("meuse")
y = geo.as_geodata(x,data_col=5,coords_col="1:2")
vario = geo.variog(y)
robjects.r.plot(vario)

但是，您会注意到上面的方法不起作用，因为geoR似乎没有获得coords.col或data.col参数。我不确定为什么会这样，但是解决这个问题的方法是编写一个包装函数。

robjects.r('''
geodata_python <- function(obj) {
        return(as.geodata(obj, data.col=5, coords.col=1:2))
}
''')
geodata_wrapper =  robjects.globalenv['geodata_python']
y = geodata_wrapper(x)
vario = geo.variog(y)
robjects.r.plot(vario)

使用上面的方法，您可以将额外的参数传递给R环境中geodata_python函数中的as.geodata函数。

HTH

Answer 2

Rpy2是连接Python的桥梁，只要有必要就会将Python类型映射到R类型。在这里，您传递了一个值为"4:5“的参数，这是一个Python str。该参数变成一个R character (R术语中的字符串向量)。

当您编写一个R函数调用时，例如foo(bar = 4:5)，您正在编写的是R代码作为参数bar的值，该代码将被计算为给出实际的参数。

我认为你想要的是：

from rpy2.robjects.vectors import IntVector
y=geo.as_geodata(x, data_col = IntVector((4,5)))

或

base = importr('base')
y=geo.as_geodata(x, data_col = base.c(4,5))