数据到树状图并返回

Question

我有一种感觉，这是一个非常简单的问题，但我想不出来。

我有一小组轨迹，我正在尝试使用scipi hcluster对它们进行聚类。

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我在这方面已经取得了成功。

    from hcluster import linkage, dendrogram

    l = linkage(matrix)
    d = dendrogram(l)
    show()

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然而，我不知道如何将树状图分配的颜色映射回原始轨迹。树状图具有以下关键字'ivl'，'dcoord'，'leaves'，'color_list'，'icoord‘。根据文档，“ivl”是打印在图的底部的一组标签，由于字体很小，这些标签是无法阅读的。

我尝试过以下几种方法

    for index, label in enumerate(d['ivl']):
        print 'trajectory #%s has color %s' % (label, d['color_list'][index])

然而，这被夸大了，因为color_list中的颜色比ivl中的标签少了一种。当我看树状图时，我可以清楚地看到2个绿色，2个红色，3个品红色，等等。但是树状图告诉我并非如此。

    from collections import Counter        
    Counter(d['color_list'])
    Counter({'y': 68, 'b': 18, 'm': 2, 'c': 1, 'g': 1, 'r': 1})

所以最后我要问的是。这个可怕的结构是什么?我如何通过树状图实际获得分配给每个轨迹的颜色？

Answer 1

我也有同样的问题，找到了你的帖子。希望您现在已经找到了答案，因为已经过了几个月了，但是以防其他人也遇到这个问题:您可以使用函数fcluster来获取集群：http://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.cluster.hierarchy.fcluster.html#scipy.cluster.hierarchy.fcluster

fcluster(Z,0.7*max(Z[:,2]),'distance')

应该将fcluster参数与默认的树状图参数相匹配。

希望这能起作用！