通过qsub运行R脚本

Question

我正在尝试通过qsub运行一个名为test.r的R脚本。我的R脚本如下：

#!/usr/bin/Rscript
x <- 1
write.csv(x,"test.csv")

如果在Ubuntu终端中输入R CMD BATCH test.r，则脚本将按计划运行；test.csv将导出到同一目录中。

但是，如果我创建一个名为testbash.sh的bash脚本并通过命令qsub testbash.sh运行它，它将不会出现错误，但输出不会出现。

#!/usr/bin/bash
R CMD BATCH test.r

如何解决这个问题？

Answer 1

尝试将R脚本修改为：

#!/usr/bin/Rscript
x <- 1
print(getwd())
write.csv(x,"test.csv")

当您通过qsub运行脚本时，该脚本通常在另一台服务器上运行，并且默认情况下在您的主目录中运行。您需要在脚本中切换到原始目录，有一个用于此的变量PBS_O_WORKDIR：

#!/usr/bin/bash
#PBS -N qsub_R_test
echo We are in the $PWD directory
cd $PBS_O_WORKDIR
echo We are now in $PBS_O_WORKDIR, running an R script.
R --vanilla < test.r > test.log 2> test.log

我通常不能使用R CMD BATCH，但是重定向到R -vanilla可以工作。您还可以在脚本中指定PBS的选项，以#PBS开头，如本例中的作业名称(qsub_R_test)。

您可以在此处获取更详细的qsub参数列表：http://www.csc.fi/english/pages/louhi_guide/batch_jobs/commands/qsub

这里有一个PBS脚本的示例：http://bose.utmb.edu/Compu_Center/Cluster_users/PBS%20HOWTO/PBS_HOW_TO.html

Answer 2

你可能做错了。如果你有一个像这样的shebang行

#!/usr/bin/Rscript

然后“简单地”对该文件执行chmod 0755 test.r，并运行它：

./test.r

这应该可以工作，然后您就可以在qsub中调用名为script的代码了。