如何修复文件中的错误(file，ifelse(append，"a"，"w"))：无法在R笔记本中打开连接

Question

我目前正在学习R Notebook，我有一个路径问题。我创建了一个R项目，并在包含R项目的文件夹中托管了我的所有脚本和文件。我正在尝试运行：

接下来，安装库：

library(tidyverse)
library(CHNOSZ)
library(janitor)

然后使用以下命令导入和合并文件：

d <-list.files(path="./merge", pattern="*.csv", full.names = TRUE) %>% 
  map_df(~read_csv(., col_types = cols(.default = "c")))

d

结果是一个0行的tibble。另外，

write.csv(d,file="data_generated/FinalmergeAllCompounds_comb.csv")

在文件中抛出错误(file，ifelse(append，"a"，"w"))：无法打开连接

当我在Rstudio中的同一项目中作为一个普通脚本运行这个脚本时，该脚本工作得很好。我毫无问题地合并了.csv文件，并且可以毫无问题地将其导出回我的项目目录。

这似乎是RNotebook和文件路径之间的冲突。我该如何解决这个问题？

Answer 1

这个问题的答案是：

knitr::opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())

基于csgroen的评论和这篇文章的Setting work directory in knitr using opts_chunk$set(root.dir = ...) doesn't work