通过Knitr的管道R降价？

Question

我从this question中发现，您可以从如下脚本调用Knitr：

Rscript -e "library(knitr); knit('myfile.Rmd')

但是有没有办法让它使用stdin和stdout而不是文件呢？

我尝试了几种不同的版本

Rscript -e 'library(knitr); knit2html(text=readLines(), output=stdout())'

但到目前为止，还没有一个奏效。

编辑:我想最坏的情况是，我可以编写一个包装器脚本，将stdin写入临时文件，在该文件上调用knitr，回显输出文件，然后删除它们。但这有点丑陋：

Answer 1

好的，我今天又试了一次，下面是一个工作脚本：

#!/bin/bash

# Hacky version of what I thought should be doable like so:
# Rscript -e 'library(knitr); knit2html(text=readLines(), output=stdout())'
# Turns out you need tempfiles for some reason?

input="/tmp/input.Rmd"
output="/tmp/output.html"
rcode="library(knitr); knit2html(input=\"$input\", output=\"$output\")"

cat /dev/stdin > "$input"
Rscript -e "$rcode" &> /dev/null
cat "$output"

你输入R markdown，HTML就出来了。忽略任何错误。

Answer 2

以下是一个版本：

#!/bin/Rscript
library(knitr)
input <- readLines('stdin')
invisible(knit(text=input, output=stdout(), quiet=TRUE))

然后(假设脚本是knit.R，rmd文件是test.R，md到html的转换是multimarkdown

knit.R < test.Rmd | multimarkdown > test.html