从PPI (蛋白质-蛋白质相互作用) excel文件制作无向图

Question

我是新来MatLAB的，所以我为天真的问题道歉。我想用MATLAB从PPI网络(蛋白质-蛋白质相互作用) Excel文件中制作一个无向图，并计算节点的最短路径长度。

我将Excel文件导入到MATLAB中，现在我有了一个2*1的矩阵( rows=2312)作为单元格数组。第一列是源蛋白，下一列是目标蛋白。现在，我在稀疏数据和生成邻接矩阵方面遇到了问题。事实上，我找不到任何命令来稀疏单元阵列或建立邻接矩阵。如果有任何建议来解决这个问题，我将不胜感激。

Answer 1

如果我理解正确的话，您可以使用此方法从稀疏数组构建邻接矩阵。

例如：

N=10;
Matrix=zeros(N);
Sparse=[1 7;3 5;2 6];

S=N.*(Sparse(:,1)-1)+Sparse(:,2);
Matrix=Matrix(:);
Matrix(S)=1;

Matrix=reshape(Matrix,[N N])';