无法在ubuntu 13.04上安装pyhdf

Question

当我尝试安装pyhdf时，发生以下错误：

sudo easy_install -f pyhdf-0.8.3.tar.gz pyhdf
Searching for pyhdf
Best match: pyhdf 0.8.3
Processing pyhdf-0.8.3.tar.gz
Writing /tmp/easy_install-Q0FIMR/pyhdf-0.8.3/setup.cfg
Running pyhdf-0.8.3/setup.py -q bdist_egg --dist-dir /tmp/easy_install-Q0FIMR/pyhdf-0.8.3/egg-dist-tmp-wXq_6K
pyhdf/hdfext_wrap.c: In function ‘SWIG_Python_AddErrorMsg’:
pyhdf/hdfext_wrap.c:859:5: warning: format not a string literal and no format arguments [-Wformat-security]
pyhdf/hdfext_wrap.c: At top level:
pyhdf/hdfext_wrap.c:3048:17: fatal error: hdf.h: No such file or directory
compilation terminated.
pyhdf/hdfext_wrap.c: In function ‘SWIG_Python_AddErrorMsg’:
pyhdf/hdfext_wrap.c:859:5: warning: format not a string literal and no format arguments [-Wformat-security]
pyhdf/hdfext_wrap.c: At top level:
pyhdf/hdfext_wrap.c:3048:17: fatal error: hdf.h: No such file or directory
compilation terminated.
error: Setup script exited with error: Command "x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/include -I/usr/include/python2.7 -c pyhdf/hdfext_wrap.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/pyhdf/hdfext_wrap.o" failed with exit status 1
/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/distutils/misc_util.py:252: RuntimeWarning: Parent module 'numpy.distutils' not found while handling absolute import
  from numpy.distutils import log

你知道哪里出问题了吗？谢谢。

Answer 1

您可能需要安装libhdf4-dev包。

花点时间阅读virtualenv，而不是使用sudo将包安装到您的系统中。

Answer 2

即使使用libhdf4-dev包，您也会遇到hdf.h文件丢失的问题(我就是这样做的)。代码setup.py (在安装存档中)似乎没有正确处理指定HDF4库所在位置的环境变量。

我按照http://pysclint.sourceforge.net/pyhdf/install.html的分步说明解决了这个问题，但是你必须在命令行中添加你的hdf库，而不是导出它：

INCLUDE_DIRS=/usr/include/hdf/  [note it may be different in your system ]

sudo python setup.py install -i $INCLUDE_DIRS

如果您没有/想要szlib，那么NOSZIP变量也会出现同样的问题，但这里我在第29行修改了setup.py：

szip_installed=False

那么安装就没问题了。

Answer 3

要解决此问题，首先需要安装hdf开发包。

sudo apt-get install libhdf4-dev