mclapply用户时间大于已用时间

Question

我正在尝试在R中使用parallel包的mclapply函数。该函数通过计算对数似然距离将值分配给序列矩阵-这是一个CPU密集型操作。

由此产生的system.time值令人困惑：

> system.time(mclapply(worksample,function(x){p_seqi_modj(x,worksample[[1]],c(1:17))}))
   user  system elapsed 
 29.339   1.242  18.581 

我以为elapsed的意思是聚合时间(user+system)。在这种情况下，上述结果意味着什么?我应该将自己定位到什么时候？我的非并行化版本在user上占用的时间更少，而在elapsed上占用的时间更多。

Answer 1

帮助页面?system.time指出，函数返回的值是proc_time类的对象，我们应该咨询?proc.time。在那里，我们了解到用户时间是

cumulative sum of user and system times of any child processes

因此，您的任务在每个内核上花费了大约15秒(mclapply默认使用2个内核，请参阅mc.cores参数)。

实际上，我们在前面的帮助页面中看到，proc.time()返回了五个分隔进程时间和子时间的元素，打印中使用的摘要方法将用户和系统时间压缩为进程+子时间，因此有更多信息可用。