使用R，如何在不打开文件的情况下找到文件中特定短语的行号？

Question

我是R的新手。我有一个包含两列的大型(3.2 Gb) txt文件。第一列具有人类基因组序列位置，第二列具有对应于每个位置的值。我想从第一列中找到特定位置的行号，然后将这些行读入R中的表中。由于内存问题，我无法导入该文件。这是一个R代码的例子，我试图从我的数据文件的第一列中获取一个特定位置的行号。数据文件名为my.data。

con <- file("my.data",open="r");
grep("13108", con)

grep不起作用。

如果有人能告诉我正确的代码，我将不胜感激。

Answer 1

试着做一些类似的事情：

read.csv(pipe("grep 13108 my.data"), ...)

(为您的数据适当地填充参数)