如何可视化生成的RNA二级结构

Question

我正在开发一个可视化RNA二级结构的工具，为此我实现了Nussinov的算法，该算法将RNA二级结构生成为带有相应索引的列表，代码可以在这里找到

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但是我真的坚持理解我应该如何可视化它(作为一个平面图)，上面的代码给了我一个二级结构的顺序列表，所以有人可以建议我如何可视化这样的工具的structure.An示例可以在这里找到1

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我知道有更好的算法，但现在我只想用这个可视化，一旦我理解了可视化，我会去寻找更好的算法。

Answer 1

在算法上可视化RNA (或任何图)的二级结构是一个困难的问题。您需要注意尽可能少的重叠，同时保持一致的链接长度。正如其他答案所指出的那样，您可以使用许多现有的实现。我将添加另一个非常容易使用且不需要下载的工具：

forna - nibiru.tbi.univie.ac.at/forna

您只需在此处输入点括号字符串：

>molecule_name
CGCUUCAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUGAAGUG
((((((((((..((((((.........))))))......).((((((.......))))))..)))))))))

这将为您提供如下所示的可视化效果：

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​

这是使用ViennaRNA RNAplot程序和d3的力有向图算法的组合来计算的。

Answer 2

您可以使用jmol做到这一点。Jmol允许你使用它的java或者我相信它的javascript api向坐标空间添加任意的键/原子。

当然，通常，PDB文件格式将用于这样的数据。

Answer 3

RNAviz已经很老了，但仍然很常用。很明显，JalView去年应该通过一个GSoC项目来获得RNA二级结构渲染，但我不确定该程序中的状态如何。