比较R中两列的密度图

Question

我有一个26000个基因的Chip-seq结果数据矩阵

LncRNA_ID          LncRNA_Name       Control_Raw_TagCount ICLIP_EZH2_Raw_TagCount
1        AK092525                             47908                  194887
2 ENST00000423879  RP11-12M5.1                10794                   90146
3        AF318349                              5514                   61617
4 ENST00000506392 CTC-313D10.1                  288                   40880
5 ENST00000438080 RP11-177A2.4                25005                   37380
6        AK123756                               800                   35469

我想绘制两个样本的计数密度图，即control和EZH2，即第3列和第4列，以便比较它们。我正在使用R，我非常困惑，主要是因为我不能将它们绘制为直方图，我得到的一个图形只有一个条形图，而不是我等待的所有条形图，如果我有兴趣做箱形图，情况也是如此。可能是一个非常愚蠢的问题，但我有点绝望

ezh2<-data$ICLIP_EZH2_Raw_TagCount
control<-data$Control_Raw_TagCount
hist(ezh2)# not working, i can't see distribution at all 

你有做这件事的主意吗？

提前感谢

Answer 1

箱形图，其中两列粘合在一起，然后沿着组拆分：

N     <- length(d$Control_Raw_TagCount)
x     <- c(d$Control_Raw_TagCount, d$ICLIP_EZH2_Raw_TagCount)
group <- rep(c("Control_Raw_TagCount", "ICLIP_EZH2_Raw_TagCount"), c(N, N))
boxplot(x ~ group)

这里我假设数据名为d，因此将其调整为您的数据框的名称。如果您想要像空心直方图这样的东西(请参阅OpenIntro Statistics的pg26 )，openintro包中的histPlot函数将使用参数probability=TRUE, hollow=TRUE实现此目的

# install.packages("openintro")
library(openintro)
histPlot(d$Control_Raw_TagCount, probability=TRUE, hollow=TRUE)
histPlot(d$ICLIP_EZH2_Raw_TagCount, probability=TRUE, hollow=TRUE,
         lty=3, border='red')

如果垂直比例不正确，请在第一次调用histPlot时添加一个ylim参数(例如ylim=c(0,0.05))。