简单PDB库

Question

我正在寻找一个简单的C++库从pdb文件中提取原子坐标。我遇到的大多数人都为我的简单需求做了太多的事情，使它们变得不必要地复杂。

Answer 1

我已经多年没有使用任何东西来做这件事了，而且我只使用过python库。(实际上，我在罗格斯大学PDB做过一份暑期工作)。

我认为您想要使用的是用于C++的OEChem (也就是开放eye...there也是一个python库)。

我记得的另一个python库是pymmlib (Python大分子库)。它可能也适用于C++，但我认为它是专有软件，所以你需要一个许可证。

我希望我记得更多..。希望这能有所帮助。我不认为会有一个轻量级的解决方案，除非你想自己编码。

Answer 2

简单结构生物学模板库( http://esbtl.sourceforge.net/ )是一个相当新的库，可能非常适合您的需要。它本身是非常轻量级的(仅限于头文件)，尽管它确实依赖于Boost库，这可能会也可能不会让您望而却步。

描述它的论文摘要可以在这里找到：(http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/8/1127.abstract)