如何在r中绘制LDA的双线图？

Question

我使用包MASS中的函数lda()进行了线性判别分析。现在，我将尝试像ade4包(forLDA)中那样绘制一个双线图。你知道我该怎么做吗？

如果我尝试使用biplot()函数，它不起作用。例如，如果我使用Iris数据并进行LDA：

dis2 <- lda(as.matrix(iris[, 1:4]), iris$Species)

然后我可以使用函数plot()绘制它，但是如果我使用函数biplot()，它就不起作用了：

biplot(dis2)
Error in nrow(y) : argument "y" is missing, with no default

如何绘制变量的箭头？

Answer 1

lda.arrows <- function(x, myscale = 1, tex = 0.75, choices = c(1,2), ...){
  ## adds `biplot` arrows to an lda using the discriminant function values
  heads <- coef(x)
  arrows(x0 = 0, y0 = 0, 
         x1 = myscale * heads[,choices[1]], 
         y1 = myscale * heads[,choices[2]], ...)
  text(myscale * heads[,choices], labels = row.names(heads), 
    cex = tex)
}

对于您的示例：

dis2 <- lda(as.matrix(iris[, 1:4]), iris$Species)
plot(dis2, asp = 1)
lda.arrows(dis2, col = 2, myscale = 2)

箭头的长度相对于lda图是任意的(当然，不是彼此之间的！)。如果需要更长或更短的箭头，请相应地更改myscale的值。默认情况下，这将绘制第一个和第二个轴的箭头。如果要绘制其他轴，请更改choices以反映这一点。

Answer 2

我的理解是线性判别分析的双线图是可以做的，它实际上也是在R包ggbiplot中实现的，参见https://github.com/vqv/ggbiplot/tree/experimental和包ggord，参见https://github.com/fawda123/ggord，对于您的示例：

install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("fawda123/ggord")
library(ggord)
ord <- lda(Species ~ ., iris, prior = rep(1, 3)/3)
ggord(ord, iris$Species)

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此外，M. Greenacre的书"Biplots in practice“有一章(第11章)介绍了它，在图11.5中，它显示了虹膜数据集的线性判别分析的双线图：

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Answer 3

您可以使用github的ggord包来实现这一点。使用的数据集是IRIS数据集

# --- data partition -- #
set.seed(555)
IRSam <- sample.int(n = nrow(IR), size = floor(.60*nrow(IR)), replace = FALSE, prob = NULL)
IRTrain <- IR[IRSam,]
IRTest <- IR[-IRSam,]    

# --- Prediction --- #
p<- predict(IR.lda, IRTrain)

# --- plotting a biplot --- #
library(devtools)
# install_github('fawda123/ggord') --- Used to install ggord from github we need to run devtools to achieve this.
library(ggord)
ggord(IR.lda, IRTrain$Species, ylim=c(-5,5), xlim=c(-10,10))