对任何类型的序列使用nwalign()

Question

我需要一个用于Matlab的近似字符串匹配函数。我通过调用nwalign()发现了生物信息学工具箱中的Needleman–Wunsch algorithm。唯一的问题是它只对氨基酸序列起作用。因此，当我尝试将字符串与数字和其他符号进行比较时，我得到一个错误消息：“两个序列都必须是氨基酸。”

有没有办法让nwalign()函数接受任何类型的序列，或者有没有另一个matlab函数可以执行近似的字符串匹配，而不限于生物信息学？

Answer 1

这在这篇thread中已经讨论过了

它解释了如何使用未记录的函数来执行与氨基酸或核苷酸以外的符号的比对。

Answer 2

看看python's nwalign()吧。

http://pypi.python.org/pypi/nwalign

它似乎将字符串作为参数(尚未查看源代码)，因此如果您有numpy序列或列表，则可能需要对它们进行转换。

Answer 3

您可以这样尝试：

[Score,Align] =nwalign(Seq1,Seq2,'Alphabet','NT')

通过这种方式，您可以对两个核苷酸序列进行比对。

您将使用哪种评分矩阵？