基因本体术语级别与基因本体术语类型

Question

我正面临着一个问题，那就是找出基因本体论术语的水平和类型的正确定义。

我知道GO术语的类型与isA图相关，而不考虑partOf关系。但当我遇到以下情况时，我仍然感到困惑：

查找关卡时：

如果我有GO:123 (假设它是根)，指向GO:345和GO:567，在两个链接中都有isA关系。此外，GO:345指向术语GO:567与partOf关系。

现在，围棋的级别是多少:567？它是不是因为根指向它而是2？或者它是3，因为根的儿子指向它？在图形的级别和类型中，我应该如何处理这种情况？

Answer 1

把这个问题带到Biostar上，你可能会得到更多有用的答案。或者是GO website和GO mailing lists。

你提出的问题直接源于GO的语义。它是一个有向无环图(DAG)，因此节点没有深度或级别的单一定义。如果您想要一个一致的定义，可以选择使用min(深度)或max(深度)，但这对于您的应用程序可能不是一个好的选择，因为您没有对其进行描述。同样，图的边具有描述不同生物学关系的不同属性(“是一个”、“部分”和“调节”)。

如何最好地处理这些属性取决于您想要完成什么，或者您想要对数据进行什么查询。由于GO术语对基因的注释密度在有机体和术语之间差异很大，因此您可能更好地考虑度量特定上下文中注释的信息量，而不是图中的“深度”。