如何使p值只打印4位数字而不是R中的科学记数法？

Question

如何使p值只打印4位数字而不是R中的科学记数法？我尝试使用选项(digits = 3，scipen = 12)，但它不起作用...这里有一个例子..。

>options(digits=3, scipen=12) 
>Oi <- c(A=321, B=712, C=44) 
>Ei <- c(A=203, B=28, C=6) 
>chisq.test(Oi, p=Ei,rescale.p=T)"

Answer 1

不太确定你想在这里做什么。感谢这个可重现的例子:输出是

cc <- chisq.test(Oi,p=Ei,rescale.p=TRUE)

print(cc)
    Chi-squared test for given probabilities

data:  Oi 
X-squared = 3090, df = 2, p-value < 0.00000000000000022

检查对象的结构发现，本例中的p值已下溢到恰好为零：

List of 9
 $ statistic: Named num 3090
  ..- attr(*, "names")= chr "X-squared"
 $ parameter: Named num 2
  ..- attr(*, "names")= chr "df"
 $ p.value  : num 0
 $ method   : chr "Chi-squared test for given probabilities"
 $ data.name: chr "Oi"
 $ observed : Named num [1:3] 321 712 44
  ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "A" "B" "C"
 $ expected : Named num [1:3] 922.5 127.2 27.3
  ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "A" "B" "C"
 $ residuals: Named num [1:3] -19.8 51.8 3.2
  ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "A" "B" "C"
 $ stdres   : Named num [1:3] -52.29 55.2 3.25
  ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "A" "B" "C"
 - attr(*, "class")= chr "htest"

我认为，如果你想从这个测试中得到确切的p值，你必须采取一些特殊的方法：

(pval <- pchisq(3090,2,lower.tail=FALSE,log.p=TRUE))
[1] -1545

因此，这大约是10^pval/log(10) = 10^(-671) R的最小可表示值通常约为1e-308，请参见.Machine$double.xmin

Answer 2

我也不确定您想要什么，但我猜您正在寻找类似于<0.0001的东西，类似于SAS的输出。为此，我会使用format.pval函数，或者使用printCoefmat，这取决于您有多少个测试。eps是一个公差；低于该值的值将打印为< [eps]。

Oi <- c(A=321, B=712, C=44) 
Ei <- c(A=203, B=28, C=6) 
tt <- chisq.test(Oi, p=Ei,rescale.p=T)

format.pval(tt$p.value, eps=0.0001)   
# [1] "<0.0001"

ttp <- data.frame(Chisq=tt$statistic, p.value=tt$p.value)
rownames(ttp) <- "Oi vs Ei"
printCoefmat(ttp, has.Pvalue=TRUE, eps.Pvalue=0.0001)    
#          Chisq p.value    
# Oi vs Ei  3090 <0.0001 ***
# ---
# Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1