scipy on os x lion

Question

我正在尝试让我的python/numpy/scipy工作环境在OS X Lion上运行。

我已经设法将numpy和scipy从他们最新的源码版本中编译出来，使用通常的

python setup.py build
python setup.py install

我运行的是从python.org下载的Python2.7.2版本：

tobi-mbp:~ tobi$ python
Python 2.7.2 (v2.7.2:8527427914a2, Jun 11 2011, 15:22:34) 
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5666) (dot 3)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>

如果我导入numpy，它会显示：

>>> import numpy
>>> numpy.__version__
'1.5.1'
>>> numpy.__file__
'/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/numpy/__init__.pyc'
>>> 

numpy的系统安装。鉴于

>>> import scipy
>>> scipy.__version__
'0.10.0.dev'
>>> scipy.__file__
'/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/scipy/__init__.pyc'
>>>

给出了已安装的scipy版本。这意味着scipy.test()失败了，实际上被卡住了。

我也尝试过pip和easy_install，但都不能编译scipy和numpy同样奇怪的行为。对于sourcefourge上提供的预编译二进制文件也是如此。

因为这似乎是PYTHONPATH的一个问题

>>> import sys, os, pprint
>>> pprint.pprint(sys.path)
['',
 '/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/distribute-0.6.19-py2.7.egg',
 '/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/pip-1.0.2-py2.7.egg',
 '/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python',
 '/Library/Python/2.7/site-packages/nose-1.1.2-py2.7.egg',
 '/Library/Python/2.7/site-packages/pip-1.0.2-py2.7.egg',
 '/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python27.zip',
 '/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7',
 '/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-darwin',
 '/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-mac',
 '/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/plat-mac/lib-scriptpackages',
 '/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-tk',
 '/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-old',
 '/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/lib-dynload',
 '/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages',
 '/Library/Python/2.7/site-packages']
>>> pprint.pprint([p for p in os.environ.items() if p[0].startswith('PYTHON')])
[]
>>> 

和site-package的内容列表

tobi-mbp:site-packages tobi$ ls -l
total 752
-rw-rw-r--   1 root  admin     119 12 Jun 00:25 README
drwxr-xr-x  10 root  admin     340  6 Aug 19:47 distribute-0.6.19-py2.7.egg
-rw-r--r--   1 tobi  admin     237  6 Aug 19:48 easy-install.pth
drwxrwxr-x  48 tobi  admin    1632  6 Aug 18:19 numpy
drwxrwxr-x   6 tobi  admin     204 20 Jul 20:44 numpy-1.6.1-py2.7.egg-info
-rw-r--r--   1 root  admin    1670  6 Aug 18:19 numpy-2.0.0.dev_26aa3cf-py2.7.egg-info
drwxr-xr-x   4 root  admin     136  6 Aug 19:48 pip-1.0.2-py2.7.egg
drwxr-xr-x   8 tobi  admin     272  6 Aug 19:48 readline-6.2.0-py2.7.egg-info
-rwxr-xr-x   1 tobi  admin  357048  6 Aug 19:48 readline.so
drwxrwxr-x  42 tobi  admin    1428  6 Aug 18:21 scipy
-rw-r--r--   1 root  admin    1768  6 Aug 18:21 scipy-0.10.0.dev-py2.7.egg-info
drwxrwxr-x   6 tobi  admin     204 27 Feb 14:00 scipy-0.9.0-py2.7.egg-info
-rw-r--r--   1 tobi  admin     144  6 Aug 19:47 setuptools-0.6c11-py2.7.egg-info
-rw-r--r--   1 tobi  admin      30  6 Aug 19:47 setuptools.pth

tobi-mbp:site-packages tobi$ more easy-install.pth
import sys; sys.__plen = len(sys.path)
./distribute-0.6.19-py2.7.egg
./pip-1.0.2-py2.7.egg
import sys; new=sys.path[sys.__plen:]; del sys.path[sys.__plen:]; p=getattr(sys,'__egginsert',0); sys.path[p:p]=new; sys.__egginsert = p+len(new)

tobi-mbp:site-packages tobi$ more setuptools.pth 
./distribute-0.6.19-py2.7.egg

我确实在path中看到了System Extras文件夹，现在的问题是为什么以及如何摆脱它。

谢谢你的帮忙

干杯托比

Answer 1

似乎在某处存在路径问题。也许你正在设置PYTHONPATH？当您运行Python2.7.2时，苹果提供的python.org 2.7.1的Extras目录不应该在sys.path上。为了帮助弄清楚发生了什么，启动Python 2.7.2并检查以下内容：

>>> import sys, os, pprint
>>> pprint.pprint(sys.path)
>>> pprint.pprint([p for p in os.environ.items() if p[0].startswith('PYTHON')])

另外，site-packages目录的内容：

$ cd /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/
$ ls -l
$ more easy-install.pth

以及任何其他.pth文件的内容。

如果仍然不清楚发生了什么，请编辑您的答案以显示上述结果。

更新：

感谢您提供所需的附加信息。它确认sys.path确实包含来自苹果提供的系统Python2.7的Extras目录。没有明显的理由可以解释为什么会发生这种情况。没有更多的信息，我只能推测。尽管看起来不太可能，但在这一点上，我最好的猜测是您意外地将一些文件从一个Python复制到另一个Python。苹果公司提供的Python在site.py中提供了一个补丁来添加Extras目录：

$ cd /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7
$ ls -l site.py
-rw-r--r--  1 root  wheel  19929 Jun 16 17:03 site.py
$ grep Extras site.py
            sitepackages.append(os.path.join(prefix, "Extras", "lib", "python"))

在python.org Python中应该看不到这一点：

$ cd /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7
$ ls -l site.py
-rw-rw-r--  1 root  admin  20288 Jun 11 15:25 site.py
$ grep Extras site.py
$

您还可以对sys.path上的所有目录进行更完整的递归搜索，以查找pth文件，但这似乎不太可能找到任何东西。

您似乎还在site-packages中分别安装了numpy和scipy的两个版本，一个是最新发布的版本，另一个是最新发布的版本。我不知道您是否采取措施在安装之间清除numpy和scipy目录，或者这是否会导致问题，但它可能会。

此时，在没有更多信息的情况下，我建议您完全删除2.7.2安装并重新开始：

$ sudo rm -rf /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7

您可以考虑使用另一种方法，如二进制numpy/scipy安装程序或使用MacPorts进行安装。在project's mailing lists上可以找到更好的建议来源。祝好运!