vennCounts的VennDiagram创建列表

Question

我有一张这样的桌子：

> updownregtable                                                           
             PIM WDR MYC OBX                                               
ILMN_1651282 0   0   0   0                                                 
ILMN_1651354 0   0   0   0                                                 
ILMN_1651358 0   0   0   0                                                 
ILMN_1656638 0   0   0   0                                                 
ILMN_1657235 0   0   0   0                                                 
ILMN_1657639 -1  0   0   0  

行名是基因的代码。colnames是细胞中的转染体。

我使用以下链接中的函数创建一个vennDiagram：http://bioinfo-mite.crb.wsu.edu/Rcode/Venn.R

在生成结果之前，vennCounts vennDiagram会给出以下输出：

> vennCounts(regulationtable)
      PIM WDR MYC OBX Counts
 [1,]   0   0   0   0    740
 [2,]   0   0   0   1      5
 [3,]   0   0   1   0      1
 [4,]   0   0   1   1      0
 [5,]   0   1   0   0      4
 [6,]   0   1   0   1      1
 [7,]   0   1   1   0      0
 [8,]   0   1   1   1      0
 [9,]   1   0   0   0      6
[10,]   1   0   0   1      0
[11,]   1   0   1   0      0
[12,]   1   0   1   1      0
[13,]   1   1   0   0      1
[14,]   1   1   0   1      0
[15,]   1   1   1   0      0
[16,]   1   1   1   1      0

现在，我想在该组中存储的所有genename中每行创建一个列表。例如：

组1-创建包含740个通用名称的列表

组2-创建一个包含5个通用名称的列表

组3-创建具有1个通用名称的列表

Group 5-创建一个包含4个通用名称的列表

组6-创建具有1个通用名称的列表

Group 9-创建具有6个通用名称的列表

组13 -创建一个具有1个genename的列表。

你能帮帮我吗?

Answer 1

这里有一个可能的解决方案。基本上，它涉及到将矩阵转换为字符向量，因为有一些方便的函数用于匹配文本字符串。

## create an example matrix - analagous to your 'updownregtable'                                                                               
nc <- 4
nr <- 1000
M <- matrix(rbinom(nr*nc,1,0.5),
            nrow = nr, ncol = nc,
            dimnames = list(sapply(1:nr, function(i) paste(sample(letters,5),collapse='')),paste('V',1:nc)))
## function for converting rows of a matrix to lines of text                                                                                   
matrix2text <- function(y) apply(y,1,function(x)paste(x,collapse=','))
## unique entries - analagous to the first four columns of your matrix                                                                         
## vennCounts(regulationtable)                                                                                                                 
Mu <- matrix2text(unique(M))
names(Mu) <- NULL
## convert the full matrix to text                                                                                                             
Mc <- matrix2text(M)
## find the matching groups                                                                                                                    
matching.groups <- sapply(Mu,function(x)names(grep(x,Mc,value=TRUE)))
## here are the counts per group                                                                                                               
counts.per.group <- sapply(matching.groups,length)