读取和操作HDF5文件

Question

我在HDF5 Example code上发现了类似的问题

但是我在正确查看hdf5数据集内容时遇到了问题。

我正在查看的数据集包含字符串头，第一列中有字符串，其他列中有两个字符串。

下面是我的代码：

public static void readh5(string path, string filename)
{
    H5.Open();
    var fileID = H5F.open(path + filename, H5F.OpenMode.ACC_RDONLY);

    var groupID = H5G.open(fileID, "/Example Group/");
    var datasetID = H5D.open(groupID, "Events");
    var dataSpace = H5D.getSpace(datasetID);
    var size = H5S.getSimpleExtentDims(dataSpace);
    var dataType = H5D.getType(datasetID);

    double[,] dataArray = new double[size[0],11];
    var wrapArray = new H5Array<double>(dataArray);
    H5D.read(datasetID, dataType, wrapArray);
    Console.WriteLine(wrapArray);
}

当我调试并查看wrapArray时，每个元素的值都是非常大或小的两倍，从10^300到10^300，我不知道为什么。我不认为这些是元素的ID号。我已经尝试将wrapArray和dataArray的数据类型更改为object，但这仍然不能提供dataset的确切内容。

我得到的wrapArray输出如下所示：

[0,0] 4.0633928641260729E+87  
[0,1] 9.77854726248995E-320  
[0,2] 1.52021104712121E-312  

等。

但我想要的是：

[0,0] Event1  
[0,1] 2  
[0,2] 56  

等。

在读取数据集之后，我想遍历第一列以查找特定的字符串，并在其他列中获得相应的元素。但我必须弄清楚这件事。

Answer 1

对我来说，它的工作方式是简单地检查DataSet的实际数据类型(使用HDFView)，然后生成包含该数据类型的数组，而不是双精度数。

Answer 2

John，如果数据集有一列用字符串值填充，seccond列用双精度值填充，那么数据集是由“复合”类型构成的。然后事情就有点复杂了(据我今天所知..我是HDF5的新手)不可能简单地将值加载到二维数组中。相反，您必须：

//1) Define byte array in memory. We know that it is one string and two doubles. 
//Check that string in dataset is really 256 chars long.
 int rows = size[0]; //this should be number of rows in dataset. 
 int oneRowDataSize = 256+8+8; //string+double+double 
 byte[] data_to_read = new byte[oneRowDataSize * rows];

// 2) Read data to our byte array
 H5D.read(datasetID, dataType, new H5Array<byte>(data_to_read));

 // 3) Decompose our byte array to rows and individual values
 for (int m = 0; m < rows; m++)
  {

 //4) offset of the row in the byte array
      int pos = m*oneRowDataSize;

 //5) compute individual offsets
      int posString = pos;
      int posDouble1 = pos + 256; //change the 256 to the correct size of string in dataset
      int posDouble2 = pos + 256 + 8;

 //6) convert bytes to values
     string valString = Encoding.UTF8.GetString(data_to_read, posString, 256);
     double valDouble1 = BitConverter.ToDouble(data_to_read, posDouble1);
     double valDouble2 = BitConverter.ToDouble(data_to_read, posDouble2);

//7 And use these values for your csharp lists/arrays...

  }

我没有测试这段代码。这是我为你的案子重写的。希望这能有所帮助。

菲利普