在java-Rcaller中调用R

Question

我正在尝试通过使用R caller在java中使用R实现集群。我正在尝试运行用于集群验证的示例代码，我得到了大多数用户都会遇到的常见错误:文件过早结束

package test;
import rcaller.RCaller;
import java.io.File;
import java.lang.*;
import java.util.*;
import java.awt.image.DataBuffer;

public class test3 {
    public static void main(String[] args) {
        new test3();
    }

    public test3()
    {

        try{

            RCaller caller = new RCaller();
            caller.cleanRCode();

            caller.setRscriptExecutable("C:/Program Files/R/R-2.15.1/bin/x64/Rscript");
            caller.cleanRCode();

            caller.addRCode("library(clvalid)");
            caller.addRCode("data(mouse)");
            caller.addRCode("express <- mouse [,c(M1,M2,M3,NC1,NC2,NC3)]");
            caller.addRCode("rownames (express) <- mouse$ID ");
            caller.addRCode("intern <- clValid(express, 2:6 , clMethods = c( hierarchical,kmeans,diana,clara,model) ,validation = internal)");
            caller.addRCode("b <- summary(intern) ");
            caller.runAndReturnResult("b");
        }

        catch (Exception e){
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

Answer 1

您的代码中有一些拼写错误。比如clValid不是有效的，而且你错过了很多像"hierarchical“这样的引号，....

我认为最好把你的代码放在一个脚本中，然后像这样从java中调用它：

Runtime.getRuntime().exec("Rscript myScript.R"); 

其中myScript.R是：

library(clValid)
data(mouse)
express <- mouse [,c('M1','M2','M3','NC1','NC2','NC3')]
rownames (express) <- mouse$ID 
intern <- clValid(express, 2:6 , clMethods = c( 'hierarchical','kmeans',
                                               'diana','clara','model') ,
                                                validation = 'internal')
b <- summary(intern)